正畸治療的流程如下：
（1）初診檢查：
咬牙印：即取模型，用於醫生對錯頜情況進行診斷分析和設計，並作為記存資料在今後的治療過程中作對比。
照相：治療前常規為患者拍攝面部照片和牙列的照片，作為記存資料留待治療中和治療後作對比。
X線檢查：治療前常規拍攝X線片，研究牙根、牙槽骨、上下頜骨及顱骨、軟組織的狀況及相互關係。
臨床檢查：檢查口內牙齒、牙周的健康狀況、口腔衛生、下頜運動、顳下頜關節等。
（2）制定治療計劃：醫生根據模型、照片和X線片，經過測量分析，診斷錯頜型別，制定出一個或多個詳細的治療方案。然後由醫生在專門的時間向患者及患者家屬解釋治療方案，包括治療所能達到的目標、療程、費用以及治療中可能出現的各種問題，徵求患者及家屬的意見，確定最終方案。治療方案確定後，由患者本人或未成年患者家長在同意書上簽字。
（3）具體治療過程：因人而異，需要患者定期複診，間隔4~8周不等。
（4）治療結束後去除矯治器，戴保持器，需定期隨訪。
正畸治療的療程：因人而異，患者不同，具體錯頜畸形不同，療程也有差別。以最常見的固定矯治為例，一般需要兩年左右的時間。一般來講，兒童比成人要快一些，拔牙治療比不拔牙治療時間要長，複雜錯頜畸形比簡單錯頜畸形治療時間要長。矯治完成後，一般還需戴用可以摘戴的保持器大約兩年左右，個別患者甚至需要終生保持。
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