飛秒鐳射是一種近紅外光，每次鐳射脈衝發射的時間極短，可以將鐳射行進的距離控制在微米級水平，通過醫生將資料輸入電腦，控制鐳射精確定向和精確定位;鐳射脈衝聚焦到角膜組織中，發生光爆破從而產生微粒子蒸發角膜組織，產生水與CO2分離角膜。飛秒鐳射的每次鐳射脈衝時間極短，通過設定只能作用於角膜上，不會穿透角膜進入眼內，因此不會傷及眼內任何組織，飛秒鐳射安全性和準確性更高。
每個人的角膜曲率、角膜硬度、角膜大小、角膜厚度是不同的。傳統鐳射手術制瓣，因角膜曲率、角膜硬度、角膜大小、角膜厚度的不同，製作出的角膜瓣也有不同。同一個角膜瓣的不同部位，其厚薄也不均勻。角膜瓣不均勻，角膜基質床肯定也不均勻，這樣就會在一定程度上影響術後的視覺質量。另外，由於瓣的厚薄難以由術者完全掌控(瓣的厚度有一定誤差)，術前對術後保留的基質床厚度的多少也無法準確估計，只能大概預測(除非在術中進行測量)，而基質床如果不夠厚，則術後可能繼發醫源性的圓錐角膜，因此，其安全性會受到影響。
飛秒鐳射在製作角膜瓣時，則是統一將角膜中央壓平在一個水平面才進行鐳射制瓣的，所以，製作出的角膜瓣會按照事先設定的厚度和大小成形的，均勻一致，瓣的質量不會受角膜曲率、角膜硬度、角膜大小、角膜厚度的影響。即飛秒鐳射不會因為角膜的個體差異而影響角膜瓣製作的質量。
另外，由於飛秒鐳射誤差小，醫生可以根據患者的角膜情況進行設定角膜瓣的厚度，厚薄完全在醫生的精確掌控中，因此，術前即可準確預測剩餘角膜基質床的厚度，這對合理地設計手術方案、保證手術安全更為有利。
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