多數良性甲狀腺結節僅需定期隨訪，無需特殊治療。少數情況下，可選擇手術治療、TSH抑制治療、放射性碘即131I治療，或者其他治療手段。
下述情況下，可考慮手術治療甲狀腺結節：
1、出現與結節明顯相關的區域性壓迫症狀；
2、合併甲狀腺功能亢進，內科治療無效者；
3、腫物位於胸骨後或縱隔內；
4、結節進行性生長：臨床考慮有惡變傾向或合併甲狀腺癌高危因素。因外觀或思想顧慮過重影響正常生活而強烈要求手術者，可作為手術的相對適應證。
良性甲狀腺結節的手術原則為：在徹底切除甲狀腺結節的同時，儘量保留正常甲狀腺組織。建議慎重使用全/近全甲狀腺切除術式。後者的適應證為：結節瀰漫性分佈於雙側甲狀腺，導致術中難以保留較多正常甲狀腺組織。術中應注意保護甲狀旁腺和喉返神經。
內鏡甲狀腺手術因其良好的術後外觀效果，可作為良性甲狀腺結節的手術手段之一。手術徑路包括胸骨切跡上徑路、鎖骨下徑路、前胸壁徑路、腋窩徑路和其他徑路。建議選擇手術徑路時，應儘量減少創傷，並且避免非I類切口入路。
手術治療後，應觀察手術併發症（如出血、感染、喉返神經損傷、甲狀旁腺損傷等）的發生情況。如果術者有豐富的甲狀腺手術經驗（年甲狀腺手術量超過100例），併發症的發生率會明顯降低。由於切除了部分或全部甲狀腺組織，患者術後有可能發生不同程度的甲狀腺功能減退（甲減），伴有高滴度甲狀腺過氧化物酶抗體（TPOAb）和/或甲狀腺球蛋白抗體（TgAb）者更易發生甲減。接受甲狀腺全切術者，術後即應開始左甲狀腺素（L-T4）替代治療，此後定期監測甲狀腺功能，保持TSH水平在正常範圍；保留部分甲狀腺者，術後也應定期監測甲狀腺功能（首次檢測時間為術後1個月），如監測中發現甲減，要及時給予L-T4替代治療。良性甲狀腺結節術後，不建議採用TSH抑制治療來預防結節再發。
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