臨床工作中，因為甲狀腺良性結節前來就診的患者較多，治療辦法無外乎定期複查、手術或者非手術治療。
定期複查：多數良性結節，無需特殊治療，可每隔6-12個月隨診一次;可疑結節，複查時間可縮短。臨床檢查如伴有聲音嘶啞、呼吸/吞嚥困難，結節固定、頸淋巴結腫大，結合頸部超聲，必要時結合甲功五項，超聲下穿刺，多數可達到複診要求。如結節生長較快，一般指結節體積增大50％以上，或者超聲檢查發現至少2條經線增加超過20％(至少超過2mm)，存在FNAB的指徵，也就是超聲引導下細針穿刺，明確病理，或者伴有超聲下的惡性徵象，可考慮手術。
手術治療：以下情況可考慮手術：區域性壓迫症狀;合併甲亢，口服藥物治療無效;胸骨後甲狀腺腫;臨床考慮有惡變或伴有甲狀腺癌高位因素;外觀腫大、思想顧慮過重、影響正常生活並強烈要求手術者。
由於切除了全部或者部分甲狀腺組織，術後多存在不同程度的甲減，伴有甲狀腺過氧化物酶抗體或者甲狀腺球蛋白抗體增高者，更易出現甲減。甲狀腺全切除的患者，術後即應開始口服優甲樂，要定期監測甲功，保持TSH水平在正常範圍。部分切除者，術後可結合甲功情況和保留腺體的多少，口服優甲樂;或者術後1個月複查甲功，出現甲減，及時給予優甲樂替代治療。
良性甲狀腺結節術後，不建議採取TSH抑制治療來預防結節再發。
非手術治療：不建議常規使用口服優甲樂抑制療法治療甲狀腺結節;對於一部分年輕患者，如果是小的多髮結節性甲狀腺腫，可考慮採用TSH抑制治療，但要是部分抑制，也就是TSH值在0.4-0.6之間。
碘131主要治療有自主攝取功能並伴有甲亢的甲狀腺結節。對那些甲狀腺有自主攝取功能但不伴甲亢的結節，碘131可以考慮。治療後也要每年複查一次甲功，防止出現甲減。不適用有壓迫症狀或者胸骨後甲狀腺腫以及妊娠期、哺乳期的婦女。
其他如超聲引導下經皮無水酒精注射，對甲狀腺良性囊腫或者含有大量液體的甲狀腺結節有效。經皮鐳射消融術、射頻消融等，治療前，先要排除惡性的可能性。
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