第一、疫苗因素
研究發現，按0、1、6個月免疫程式接種疫苗，產生抗體的滴度與注射疫苗的劑量、種類等相關。此外，與疫苗的儲存也有關係，疫苗的最佳貯運溫度為2攝氏度～10攝氏度。一般而言，乙肝疫苗具有良好的熱穩定性，而一旦凍結，佐劑膠體完全被破壞，疫苗也隨之失效。有些人為圖方便，一次性把三針免疫程式疫苗帶回家中，但貯存方法不對，以致疫苗失效。
第二、機體因素
研究表明，排除檢測試劑因素，一半以上無或弱免疫應答者本身為乙型肝炎病毒感染者。一般體檢僅查乙肝表面抗原(HBsAg)，若呈陰性便注射疫苗。但是，研究表明，乙型肝炎患者中，HBsAg陰性的佔5％～10％，這類患者對乙型肝炎疫苗是沒有應答的。如果檢測乙肝兩對半，提示抗-HBc陽性，說明既往感染過乙肝病毒，有必要使用敏感試劑複查，並且檢測HBV DNA定量。有些甚至要做肝組織活檢，才能確定有無乙型肝炎病毒的現症感染。
人類對HBsAg的免疫反應與年齡、體重也有很大的關係。疫苗接種後是否產生抗體，與機體本身的免疫功能關係密切，所以患有免疫缺陷疾病(如艾滋病)、導致免疫功能低下的情況(如惡性腫瘤、糖尿病、腎透析等)、長期使用免疫抑制劑等，都會降低機體對疫苗接種的抗體應答。研究還表明，含某種基因的人，對乙肝疫苗的免疫應答較差。此外，不良的生活習慣也會影響免疫效果，例如每天吸菸超過5支者，疫苗接種後抗-HBs應答率比不吸菸者低，嗜酒者亦然。
第三、接種因素
實驗證明，接種部位以上臂三角肌最優，臂部其他部位的接種效果則較差，這是因為除上臂三角肌外，其他部位的脂肪較厚，疫苗接種後一般僅在脂肪層中緩慢進入血迴圈，從而影響了疫苗對體內免疫細胞的刺激。在一定範圍內，抗-HBs滴度隨疫苗接種次數的增加而提高。經大量人群實驗證明，目前使用的0、1、6個月的免疫程式效果最好，世界衛生組織(WHO)推薦方案0、1、2個月的免疫程式效果也不錯，但最好在第12個月加強一針。
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