肛瘻手術後，又重新犯病的原因有以下幾個方面：
1、內口處理不當：絕大多數是因為內口沒有找準確，或沒有把感染的原發灶即內口徹底清除。
2、肛門腺處理不當：據近年來的研究表明，肛門腺感染是肛瘻的重要病因，因此，要切除乾淨內口，以及內口附近有炎症的肛門腺及肛門腺導管。
3、瘻支管及其瘻空腔清除不徹底：即在手術中沒有刮乾淨壞死組織或清除支管，即可導致復發。
4、內口複雜：即瘻內口二個或二個以上時，尋找內口不完全，導致復發。
5、新生成的肛瘻：多為患者因肛門腺感染，又發生了肛周膿腫，導致新的肛瘻，而被誤認為是復發，在臨床中不難鑑別。
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