目前治療乙肝的藥物很多，但是尚無任何一種特效藥物能夠根治乙肝，慢性乙肝患者大多數終身攜帶乙肝病毒，就是終身用藥也未必能夠將乙肝病毒從體內徹底清除，所以說治療乙肝的目標不應該是徹底清除乙肝病毒，使乙肝病毒指標為陰性，而是抑制乙肝病毒的複製維持肝功能正常，有較高的生活質量，能正常工作和學習即可。
慢性乙肝的病程可分為活動期(慢性中度和重度肝炎)和靜止期(病毒攜帶者和輕度肝炎)，活動期的患者轉氨酶升高，可出現黃疸，白蛋白降低，球蛋白升高，肝損壞加重，病人可出現各種各樣的症狀，所以活動期的病人必須用抗病毒及保肝藥物治療。經過治療後，肝功能逐漸恢復正常，黃疸消退，肝細胞壞死停止並且開始再生，自覺症狀逐漸改善和消失，病情進入相對的靜止期，此期仍需繼續用藥，鞏固療效，防止復發，如果肝功能正常一年以上就可以停藥。
絕大多數乙肝患者為慢性乙肝病毒攜帶者，尤其是少年兒童，雖然乙肝病毒指標為陽性，但是肝功能檢測始終正常，這些患者不要濫用藥物，做到定期複查，生活規律，心情放鬆，正常學習和工作，也不要長年累月的口服各種保肝藥物，在肝病完全靜止期最好不用藥，因為很多藥物對肝臟不光有治療作用，長期應用還會造成肝臟慢性蓄積性毒害，因此不主張長期處於靜止狀態的病人採取預防性保肝治療，總之，慢性乙肝病人不需終身服藥。
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