對於子宮腺肌症而言，藥物治療主要是為了緩解症狀。對輕、中度痛經、子宮增大不明顯的患者，可用非甾體抗炎藥(NSAIDS)對症止痛。GnRH-a(達菲林，抑那通等)是目前治療腺肌症最有效的藥物，療程3―6個月，用藥期間子宮縮小，痛經消失，但停藥後極易迅速復發。曼月樂(左炔諾孕酮宮內節育系統)，是一種帶有高效孕激素的避孕環。
上環後，內膜在孕激素作用下逐漸萎縮，月經量減少，痛經症狀亦減輕，同時對卵巢的抑制作用小，基本不降低體內雌激素水平。最主要的副反應是上環初期的點滴陰道出血，通常要持續3～6個月不等，過了這段“磨合期”就好了。輕、中度痛經的患者還可以服用短效口服避孕藥，如週期性服藥療效不滿意，還可連續服用，此法的優點是副反應小。
祖國的中醫中藥對痛經的治療也有非常好的經驗，可選用溫經化瘀p理氣止痛的中成藥製劑如月月舒p桂枝茯苓丸p痛經丸p少腹逐淤丸p調經化瘀丸p婦科回生丹以及血府逐淤丸等，也可以根據中醫的辨證施治的原則個體用藥。米非司酮，偶有試驗性治療的觀察報道，對緩解痛經有效，但尚缺乏可信的證據，還需進一步研究。
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