大多數慢性腎炎的病因不清楚。急性鏈球菌感染後腎炎遷延不愈，病程超過1年以上，可轉為慢性腎小球腎炎。但大部分慢性腎炎並非急性腎炎遷延而來。其他細菌及病毒感染，特別是乙型肝炎病毒感染亦可引起慢性腎炎。
由於慢性腎炎不是一個獨立的疾病，其發病機理各不相同。大部分是免疫複合物疾病，可由迴圈內可溶性免疫複合物沉積於腎小球，可由抗原(腎小球固有抗原或外源性種植抗原)與抗體在腎小球原位形成免疫複合物，啟用補體，引起組織損傷。也可不通過免疫複合物，而由沉積於腎小球區域性的細菌毒素，代謝產物等通過“旁路系統”啟用補體，從而引起一系列炎症反應而導致腎小球腎炎。
非免疫介導的腎臟損害在慢性腎炎的發生與發展中亦可能起很重要的作用。
根據目前研究結果，這種非免疫機理可能包括以下因素：
（1）腎小球病變引起腎內動脈硬化；
（2）腎血流動力學代償性改變所引起的腎小球損害；
（3）高血壓對腎小球結構及功能的影響；
（4）腎小球系膜的超負電荷狀態。
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