嬰幼兒時期房間隔缺損患者的症狀與缺損大小有關。輕者臨床表現可不明顯，常在體格檢查時發現心臟雜音而得以確診;缺損大者，由於分流量大，肺充血明顯，而易患支氣管肺炎，同時因體迴圈血量不足而影響生長髮育。當劇哭、屏氣、肺炎或心力衰竭時，右心房壓力可超過左心房，出現暫時性右向左分流而呈現出青紫。
隨著患者年齡增大，房間隔缺損患者可表現出生長髮育落後、活動耐力降低、反覆呼吸道感染、多汗等表現，並且出現心臟增大、肺迴圈壓力及阻力增高、心力衰竭以及房性心律失常等。
由於多數房間隔缺損症狀輕微，很大一部分患者直至青春期或者成年以後才得以發現，部分患者在診斷時甚至已經喪失治療機會或者雖然還有治療機會，但是心臟以及肺迴圈功能已經無法恢復到正常狀態，嚴重影響了患者活動耐力、生活質量、預期壽命、社會競爭力以及心理健康。
缺損小者，患者發育可不受影響;缺損大者，可有發育遲緩、消瘦、乏力、多汗和活動後氣促。心臟檢查可見心前區隆起，心界擴大，捫診可有抬舉性搏動，在肺動脈瓣區可聽到由於肺動脈瓣相對狹窄產生的Ⅱ―Ⅲ級收縮期噴射性雜音，肺動脈第二音增強及固定分裂。左向右分流量大時，可在胸骨左緣下方聽到三尖瓣相對狹窄所產生的舒張期隆隆樣雜音。肺動脈擴張明顯或伴有肺動脈高壓者，可在肺動脈瓣區聽到收縮早期喀喇音。
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