在牙體牙髓科的臨床診療中多數情況下不需要全身使用抗生素。在少數情況下需要使用一定劑量的抗生素，如急性根尖周膿腫並伴有一定的全身症狀;間隙感染者;或全身狀況不佳需預防性用藥者。
對於有全身症狀的感染患者，最主要的治療就是去除其感染源(清理感染根管)，一般情況下，對於感染根管進行充分的化學，機械預備後可有效緩解患者的臨床症狀，而且科學的引流也可以快速緩解患者的臨床不適。如經過以上治療患者症狀加重可視情況應用抗生素。
在下列情況下我們可以適當應用抗生素，我們已經對患者進行了根管預備和根管消毒等操作，患者仍持續有全身症狀，如持續高熱、強烈不適感、蜂窩織炎、牙關緊閉、持續性的明顯消腫等。
在情況允許時，對患者應用抗生素之前，應該先進行感染細菌種屬的鑑定及相應的抗生素敏感實驗
在有些情況下需要預防性應用抗生素，這時應當諮詢患者相關疾病專科醫生的意見。這些病種包括，器官移植後長期應該免疫抑制劑患者，免疫力低下患者，糖尿病患者，營養不良患者，血友病患者。預防用藥方案為：根管治療前一小時服用阿莫西林2g，如果患者對阿莫西林過敏，可口服用頭孢少唑啉600mg。
在下列情況下我們不提倡應該用抗生素：牙髓炎，急性根尖周炎，無全身症狀的根尖周膿腫切開。一般一講，對於免疫力正常且不存在明顯感染的、腫脹等臨床症狀的病例抗生素的應用是禁忌的。
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