生殖器皰疹是由單純皰疹病毒感染，可能是單純皰疹病毒一型(HSV -1)或者二型(HSV -2)。大多數生殖器皰疹是由單純皰疹二型病毒引起。很多人感染後並沒有任何跡象或只有很少的症狀，他們甚至不知道自己已經被感染。
最初的臨床表現通常是圍繞生殖器出現一個或多個水泡。然後這些水泡破裂、潰爛，變成邊緣的潰瘍(瘡)，一般在兩個到四個星期，初期的潰瘍會自動痊癒。接著第一次，又會出現另一波數週或數月的潰瘍，但它一般沒有第一次的嚴重，持續時間也往往較短。病毒的感染會一直留在人體內，只是潰瘍的爆發會逐年遞減。
單純皰疹二型病毒在女性群體中的感染率(大約1/4)高於男性(大約1/8)。這可能是由於男性傳染給女性比女性傳染給男性的發生率更大。
病毒引起潰瘍，在其中可以找到單純皰疹一型和二型病毒，但是這兩種病毒也可能從潰瘍之間的正常面板中間歇性的釋放。一般來說，單純皰疹二型病毒會通過性接觸進行傳播，傳播者可能並沒有明顯的疼痛感或者不知道自己被感染了。
單純皰疹一型病毒能引起生殖器皰疹，但是它更容易引起嘴巴和嘴脣的感染，即所謂的“脣皰疹”。口交或者和感染了單純皰疹一型病毒的人性交，都會引起生殖器一型病毒感染。生殖器單純皰疹一型病毒引發的潰瘍通常要輕於二型病毒引發的潰瘍。
正確並持續的使用避孕套，可以降低感染的風險，防止病毒傳播，但是不能徹底排除感染的可能性，因為性交過程中的分泌物同樣可能導致病毒傳播。
單純皰疹病毒感染可以通過做生殖器破損抹片檢測來確診。有許多可用的抗病毒治療藥物，或是做急性以及抑制治療(預防性治療)。
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