MRI裝置在正常執行情況下噪聲很大，檢查時間較長，並且要求患者長時間保持固定體位；所以在一般情況下，學齡前兒童或智力低下兒童很難配合完成檢查。為達到診斷所必需的影象質量，需要採用藥物鎮靜。
一般採用水合氯醛口服或保留灌腸，10％的水合氯醛是適合兒童使用的最安全的鎮靜藥物；口服劑量在體重小於10kg者，75~100mg/kg；灌腸劑量在0.3~0.5mg/kg，最大劑量不超過2g，稀釋1~2倍，於掃描前30~40min經肛門保留灌腸，水合氯醛保留灌腸對於5歲以下患者比較有效，5歲以上患者應該採取肌肉注射或靜脈方式給藥。
兒童患者使用鎮靜藥物應特別注意，禁忌症包括嚴重的心臟病、肝腎功能減退、呼吸迴圈障礙等；用藥後應密切觀察患者的呼吸、迴圈等生命指徵；使用鎮靜藥物的患者應在恢復清醒後方可離開。
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