經過陰道分娩的新生兒暴露於母體菌群和環境中的細菌，有利於腸道健康菌群的建立(以雙歧桿菌為優勢)，使腸道屏障功能成熟，減少過敏的機會;而剖宮產是無菌的，這樣嬰兒腸道菌群的定植延遲，影響新生兒腸道微生態系統的發育，從而影響嬰兒早期免疫系統的發育，增加患感染性疾病和過敏的風險。
臨床研究顯示自然分娩兒與剖宮產兒腸道雙歧桿菌定植是不同的，剖宮產兒雙歧桿菌定植遲於自然分娩兒，這種狀況甚至可延續至嬰兒出生後6個月。剖宮產分娩的兒童在一歲以後發生哮喘、花粉熱、過敏、呼吸道感染性疾病的風險增加，特別是母親有過敏史剖宮產的兒童在1-2歲時對食物過敏的風險大大增加，到成年時哮喘的發病率也明顯增加。
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