小兒癲癇的病因複雜多樣，構成癲癇發作的因素包括遺傳因素、腦內致癇性損傷因素、誘發性因素等，病因與年齡因素比較明顯。在臨床上通常分為：
1、原發性癲癇
原發性癲癇又稱特發性癲癇，主要由遺傳因素決定的，而找不到其他病因，往往有年齡特點。隨著醫學科學的不斷進步，先進醫療儀器的問世，腦部病變的檢出率大大提高，原發性癲癇的診斷率不斷減少，佔全部性癲癇的40％～50％。原發性癲癇可表現為全身性發作或部分性發作，EEG背景波正常，呈特定部位限局性或雙側對稱同步癇樣放電。
2、繼發性癲癇
繼發性癲癇又稱症狀性癲癇，指找得到明確病因的癲癇。這類癲癇可有多種形式的臨床發作，除有限局性腦電異常外，EEG背景波多異常，並有大量的癇樣發電。
最常見的病因包括：
（1）先天腦發育畸形，如無腦回畸形，巨腦回畸形，多小腦回畸形，灰質異位症，腦穿通畸形，先天性腦積水，肼胝體發育不全，蛛網膜囊腫，頭小畸形，巨腦症等；
（2）神經面板綜合症：最常見的有結節性硬化，神經纖維瘤病和腦三叉血管瘤病等；
（3）遺傳代謝病，如苯丙酮尿症，高氨血癥，腦脂質沉積症，維生素B6依賴症等；
（4）圍產期腦損傷，主要是產傷、窒息、顱內出血、缺氧、缺血性腦病，中其以缺氧缺血性腦病而致癲癇者最常見；
（5）顱內感染：如細菌性腦膜炎、病毒性腦炎、腦膿腫、黴菌性腦膜炎、腦寄生蟲病、接種後腦炎、傳染後腦炎等；
（6）營養代謝障礙及內分泌疾病，常見有的低血糖、低血鈣、低血鎂、維生素B6缺乏，甲狀腺功能低下；
（7）腦血管病：如腦血管畸形、顱內出血、腦血管炎、腦梗塞等；
（8）外傷：由外傷而致的顱內出血、顱骨骨折、腦挫裂傷等均可引起癲癇，但發病率與損傷程度及部位有關；
（9）高熱驚厥後腦損傷也導致癲癇。
3、隱源性癲癇
隱源性癲癇推測為症狀性，但以目前的認識水平尚未發現病因。隨著腦部影像技術深入，可能在今後用更先進方法找到病因，或有一部分病人隨著疾病的進展，病因可能顯露出來。
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