慢性乙肝治療的中心和重點是抗病毒治療，但由於種種限制和誤解，抗病毒治療幾乎與病毒指標轉陰等同起來，好象乙肝治來治去就是為了病毒指標的陰轉，只要病毒陰轉了，也就萬事大吉了，其實抗病毒治療並非簡單的轉陰治療，也不是每一個乙肝患者都適合抗病毒治療，只用嚴格掌握適應症，方可獲得有限的療效；各種藥物和方案尚不成熟，都處於試驗階段，使用者應該建立檔案，嚴密觀察；病毒指標的陰轉未必都是好事，應該密切注視由於病毒變異引起的陰轉；患者不應急於嘗試各種轉陰治療，以免花大量的冤枉錢，不具備抗病毒治療條件時，可以正常生活學習，學會與病毒“和平共處”。
一、抗病毒治療不能等同於簡單的“轉陰”治療，
抗病毒治療的目的包括一下幾個方面，1.抑制病毒複製，進而達到清除和消滅組織器官中的乙肝病毒。2.改善恢復肝功能。3.減輕肝組織病變。4.提高生活質量。5.減少和阻止肝硬化和肝癌的發生。
其中，在符合治療適應症的患者，通過抗病毒治療，出現DNA轉陰，E抗原轉陰並且E抗體轉陽，才能說明病毒受到藥物的抑制，而表面抗原轉陰非常困難。
二、目前能夠達到個別病毒指標暫時陰轉，所有病毒指標陰轉以及獲得長久持續的陰轉，尚無法辦到。
迄今為止，無論化多少錢，使用多少種中西藥物，使得所有乙肝病毒從肝組織或血液中徹底消失，是難以做到，也是極不現實的，最為公認的治療藥物，如干擾素和拉米呋啶也只能在符合其適應症的情況下對乙肝病毒起到有效的抑制作用，尚談不上徹底清除和消滅，如果不符合其適應症時，硬性使用，什麼好的效果也沒有。
目前實際治療水平是：藥物使用得當，治療物件選擇合適，乙肝病毒可以出現e抗原或/和乙肝病毒DNA陰轉，乙肝病毒表面抗原陰轉尚無法辦到。這是目前治療乙肝較為現實的目標
三、目前雖然有幾種較為公認的有一定轉陰效果的藥物，但是適應症狹窄，只有少數患者符合其適應症，只用嚴格對號入坐，選擇好適應症，才有可能獲得有效的治療效果，不管三七二十一，人人都來使用抗病毒藥物，即浪費錢財，也貽誤病情。
近十年來，我國先後從國外引進和仿造化學藥物和生物製劑十餘種，其中不少已被證實療效不佳或毒副作用較大，現已很少使用，歐美國家已經停止用於治療乙肝，如肝靈素、無環鳥苷、阿糖腺苷、膦甲酸等等，相當多的患者，曾經接受過這些藥物的治療，現在回過頭來反省一下，這些治療實際就是試驗性的，患者的治療經歷實際是花錢買學費，換回的是經驗和教訓。經驗和教訓總結出抗病毒治療的時機和條件是：患者乙肝病毒複製指標陽性，轉氨酶超過正常值上限2~5倍，病毒攜帶者和晚期肝硬化都不適合抗病毒治療，這樣的初步限定，就已將絕大多數乙肝患者排除於抗病毒治療之外，如果具體到某一種抗病毒藥物之上，又有更進一步的限定，如干擾素適應症是這樣嚴格規定的：慢性乙肝“大三陽”，乙肝病毒DNA陽性，轉氨酶升高2~5倍者適合用干擾素。失代償期肝硬化患者、黃疸高者、肝功正常者、母嬰垂直傳播者不適合使用干擾素，這樣一來，符合其適應症者只有極少數。從目前干擾素使用的實際情況看，相當一部分病例根本就不符合上述使用條件，屬於硬性蠻幹，療效自然不佳。即便是選用最好的公認的藥物，嚴格掌握適應症，獲得的療效也是有限的，短期效果明顯，長期療效並不理想。
四、抗病毒治療理想的目標是病毒指標悉數轉陰，但是目前只能作到幾項指標陰轉，並且這幾項病毒指標陰轉實際含義非常複雜，並非病毒指標轉陰都是好事。
血液中的病毒指標並非一成不變，其含量每天都在變化，其表現形式有時也在變化之中；病毒變異可以引起的陰轉，機體免疫變化也可造成病毒自然陰轉，病毒指標變化並不一定都是好事，即便是變化，也不一定都是藥物的作用。病毒指標的穩定是暫時的，變化才是永恆的。病毒指標自然變化是經常的，無論其數值定量檢測，還是定性檢測，都可能發生自然變化，要區分是藥物治療還是病毒指標自然變化引起的定量或定性改變，並非一件易事，如果定期觀察乙肝病毒指標數量變化，肯定每次都有所不同，這個變化是由於治療還是自然變化引起的，難以確認；如果指標果然陰轉，這個陰轉是藥物的作用，還是機體自身免疫的結果，也難以判定。關鍵的問題是，某些情況下，病毒指標的陰轉，並非一件好事，乙肝病毒長期在藥物壓力之下，可以發生多種多樣形式的變異，變異可以發生在病毒不同的基因編碼片段，一旦病毒發生變異，可以出現相應部位的病毒指標陰轉，最常見就是乙肝病毒前C區和C區的變異，這種變異可以出現“大三陽”轉為“小三陽”的情況，但是這種轉陰並非好事，病毒變異往往是病毒逃避打擊，適應藥物作用，喬裝打扮，改變形態，更具隱蔽性的生物效應，變異後病毒可能更具有破壞和攻擊性，機體免疫功能無法識別和消滅病毒變異株，病毒趕起壞事更是肆無忌憚。目前發現多數乙肝肝硬化患者的血清病毒情況就是“小三陽”而非“大三陽”。也就是說患者苦苦等待盼來的病毒指標轉陰並非都是好事。
五、目前藥物眾多，治療費用遞增，為了追求虛無縹緲或是似是而非的治療目標，投入大量的醫療經費，的確是種浪費。
所有醫務人員都清楚地知道和承認，目前尚無理想的、特效的乙肝藥物問世，越是這樣，各種帶有嘗試性的藥物和療法越是不斷推陳出新，這個專家推薦使用這套方案，那個專家建議使用那種藥物，上海有上海的一套，北京有北京的一套，各自為政，目前有主張聯合治療者，也有主張序貫治療者；有主張干擾素聯合拉米呋啶者，也有主張干擾素聯合日達仙者，還有主張西藥干擾素、拉米呋啶、日達仙聯合中藥製劑苦蔘素等等；對於處於試驗階段的治療方案，應該是慎重，未經大樣本臨床驗證，似是而非的東西，最好不要貿然推舉，
六、是不是不進行抗病毒絕對不行呢？決非如此，在尚無消滅病毒的方法問世前，應該學會與病毒“和平共處”。
在沒有公認的、成熟的治療方案或藥物出現之前，不一定非要勉強嘗試抗病毒治療，乙肝病毒的數量和複製程度並非導致病情加重的直接因素，也就是說：乙肝病毒多少與病情嚴重性並不是正比關係，不少患者長期乙肝“大三陽”，但是身體一直很好，長壽者不在少數，病毒指標自然轉陰者和自愈者都大有人在。病毒指標陽性，需要人體免疫功能異常紊亂與之配合，方能發病，如果免疫功能處於麻痺或耐受狀態，機體免疫功能缺乏對於病毒的識別，病毒即便是存在，也未必就發病，此時機體與乙肝病毒“和平共處”，相安無事，帶毒生存未必不可行，在沒有徹底攻克乙肝病毒這一難題之前，先採取穩定、安全的措施，要比積極冒進，攪亂免疫功能，胡亂嘗試各種藥物要好得多。目前有不少國內外學者提出的免疫耐受治療方法，就是本著這種思路進行的，口服病毒結構蛋白可以誘導免疫耐受，方法簡單，用於治療乙肝，誘導對病毒的耐受狀態，有助於減輕病變、延緩併發症發生。具體措施在我國是否可行，尚待決策，但是此舉不失為一條出路。
七、長期無休止的轉陰治療，使患者身心疲憊，勞民傷財，換回的往往是失望和沮喪。
要說連綿不斷無休止嘗試各種治療，最大的受害者，肯定就是乙肝患者，他們從起先報著強烈治療慾望和信心，積極求醫問藥，四處看病，到最後病情依然反覆，病毒指標一點不變或是來回變化，錢財耗盡，彈盡糧絕時，帶來的只有痛苦和失望。為了預防廣大患者重蹈前人無益治療、無謂支出的覆轍，醫務工作者有義務富有良知地告戒乙肝患者：一定要慎用抗病毒藥物，不可盲目使用，只有在完全符合抗病毒治療適應症和具有足夠經濟實力的條件下，才能嘗試使用，使用的整個過程，一定要在正規永遠正規醫院和醫生指導下進行，定期隨訪，建立檔案。
八、不少江湖性質行醫者或是急待撈取錢財不良之徒正好藉機興風作浪，他們抓住患者要求轉陰的迫切心理，製作各種各樣的廣告，吹噓轉陰效果多麼靈驗，套用一些“科學術語”，編制驚人的科學“神話”，丟擲種種誘餌，千方百計掠奪患者的錢財，上當受騙的乙肝患者無數。
國家工商總局和衛生部，已鄭重宣佈暫停乙肝廣告在各種媒體或場合中釋出，但長期以來，各種媒體出現的乙肝廣告幾乎成為一種公害，廣告之多、覆蓋面積之廣、形式之多樣、言語之生動、誘惑力之巨大、盜用和編造科學術語之多，堪稱一絕，幾乎所有的乙肝廣告都是以宣傳“大、小三陽”轉陰如何迅速和靈驗為招牌和亮點的，目的在於緊抓患者急切盼望乙肝病毒陰轉的心理，不少患者在不明真相前提下，前往個體診所、個體醫院，踴躍購買廣告藥物，花錢不少，收穫甚微，患者花費大量的冤枉錢都被用做填補那些不良分子的慾望溝壑，依靠騙取乙肝患者而發家致福的個人和單位不勝列舉。
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