維生素D缺乏性佝僂病臨床主要為骨骼的改變、肌肉鬆弛、以及非特異性的精神神經症狀。重症佝僂病患者可影響消化系統、呼吸系統、迴圈系統及免疫系統，同時對小兒的智力發育也有影響。在臨床上分為初期、激期、恢復期和後遺症期。初期、激期和恢復期，統稱為活動期。
1、初期
多數從3個月左右開始發病，此期以精神神經症狀為主，患兒有睡眠不安、好哭、易出汗等現象，出汗後頭皮癢而在枕頭上搖頭磨擦，出現枕部禿髮。
2、激期
除初期症狀外患兒以骨骼改變和運動機能發育遲緩為主，用手指按在3～6個月患兒的枕骨及頂骨部位，感覺顱骨內陷，隨手放鬆而彈回，稱乒乓球徵。8～9個月以上的患兒頭顱常呈方形，前囟大及閉合延遲，嚴重者18個月時前囟尚未閉合。兩側肋骨與肋軟骨交界處膨大如珠子，稱肋串珠。胸骨中部向前突出形似“雞胸”，或下陷成“漏斗胸”，胸廓下緣向外翻起為“肋緣外翻”；脊柱後突、側突；會站走的小兒兩腿會形成向內或向外彎曲畸形，即“O”型或“X”型腿。
患兒的肌肉韌帶鬆弛無力，因腹部肌肉軟弱而使腹部膨大，平臥時呈“蛙狀腹”，因四肢肌肉無力學會坐站走的年齡都較晚，因兩腿無力容易跌跤。出牙較遲，牙齒不整齊，容易發生齲齒。大腦皮質功能異常，條件反射形成緩慢，患兒表情淡漠，語言發育遲緩，免疫力低下，易併發感染、貧血。
3、恢復期
經過一定的治療後，各種臨床表現均消失，肌張力恢復，血液生化改變和X線表現也恢復正常。
4、後遺症期
多見於3歲以後小兒，經治療或自然恢復後臨床症狀消失，僅重度佝僂病遺留下不同部位、不同程度的骨骼畸形。
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