一、一般治療：
儘量去除引起膽汁反流的因素，如飲酒、吸菸以及刺激性食物和飲品。保持樂觀的情緒，養成良好的飲食和衛生習慣，主張食用蔬菜、綠茶和富含葉酸和胡蘿蔔素的食物，有研究發現長期補充抗氧化劑、維生素、葉酸和胡蘿蔔素對預防和阻斷胃黏膜萎縮有一定的作用。
二、 應用胃黏膜保護劑
針對膽汁反流對胃黏膜損害的作用，近年來，人們開始重視胃黏膜保護記得應用，如：
1、前列腺素E：對胃黏膜細胞有保護作用，可刺激粘液和HCO3-的分泌，擴張血管，促進粘膜的血迴圈，抑制胃酸和胃蛋白酶的分泌，增加外源性PGE1。
2、替普瑞酮：為一種萜類物質，能促進胃黏膜微粒體中糖脂質中間體的生物合成，進而加速胃黏膜及胃黏液層中主要的粘膜修復因子即高分子糖蛋白的合成，提高粘液中磷脂質濃度，從而提高粘膜的防禦功能。
3、十六角蒙脫石(思密達)：主要是加強胃黏膜屏障作用，固定抑制並消除病毒和病菌的作用，吸附消化道內氣體，抵抗各種攻擊因子的侵襲。
三、減少膽汁吸收和改善胃動力
1、減少膽汁吸收的藥物
（1）考來烯胺(消膽胺)：可在腸道與膽汁酸形成螯合物，隨糞便排出，排出膽酸的量比正常多3~4倍。可絡合反流至胃內的膽鹽，防止膽汁酸破壞胃黏膜屏障。
（2）硫糖鋁：可與胃蛋白酶絡合抑制該酶活性，並能與胃黏膜的粘蛋白絡合形成保護膜，也可與膽汁酸及溶血卵磷脂結合，可用於治療膽汁反流。
（3）熊去氧膽酸(UDCA):具有良好的利膽作用，可鬆弛膽道括約肌而發揮排洩膽汁的作用。膽汁中對胃黏膜最有毒害作用的是去氧膽酸和石膽酸。在膽汁反流患者胃液中膽汁酸以膽酸和去氧膽酸為主，UDCA僅佔1％。服用UDCA，胃液中膽汁酸以UDCA為主，而膽酸、去氧膽酸和石膽酸濃度明顯下降，從而減輕後兩者對胃黏膜的損害作用。
（4）鋁碳酸鎂：是新型結合膽酸的藥物，含有特殊層狀網路結構，能吸附和結合胃蛋白酶、膽酸、溶血卵磷脂等，從而減弱了粘膜損傷因子的攻擊。它能促進粘液分泌，促進胃黏膜細胞保護性前列腺素如PGI的合成和釋放，促進粘膜血流，能迅速中和胃酸。另一方面，它能結合碳酸氫鹽並轉化入碳酸氫鹽儲池，類似生理性胃黏膜屏障保護機制。在酸性環境中與膽汁酸結合，清除了膽汁酸對胃黏膜的損害，並能在腸內鹼性環境中釋放膽汁酸，從不影響膽汁酸的肝腸迴圈。
2、促進胃腸動力的藥物
如甲氧氯普胺(胃復安)、多潘立酮(嗎丁啉)、西沙比利片、莫沙必利以及六味安消散等藥物均可增強胃體和胃竇部收縮，增加胃的張力，改善胃竇部和十二指腸的協調作用，加速胃排空，防治膽汁反流，調節和恢復胃腸運動。
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