首先，選擇治療方法要根據患者的具體情況。具體說有：（1）患者的一般狀況，即能否耐受手術以及其他侵入性治療。如果年齡過大或合併嚴重系統性疾病則不能手術甚至介入栓塞治療。（2）患者肝功能狀態：根據Child-Pugh分級標準將肝臟功能分為ＡＢＣ三級，Ａ級可承受半肝以上的切除手術，Ｂ級僅承受肝段或不規則腫瘤切除術，而C級不能耐受手術。近年來對於手術前的評估更為嚴格，多采用靛菁綠瀦留試驗（ＩＣＧ）測定肝臟儲備功能以及通過ＣＴ測定手術殘留肝臟體積判斷患者對手術的耐受能力。（３）腫瘤大小、數量及其位置：這是手術前判斷腫瘤能否切除的關鍵指標，通常依據ＣＴ或ＭＲＩ進行判斷。除此之外還要看腫瘤有無向肝外轉移，尤其是肺和肝門淋巴結，有無侵犯大血管等。寧夏回族自治區人民醫院肝膽外科田明國
根據以上條件，如果腫瘤侷限於一側肝臟，全身一般狀況良好，肝功能在Ａ或Ｂ級應首選手術治療，因為手術的治癒率和５年生存率最高。手術方法有分為：肝移植術、規則性半肝或肝段切除、不規則性肝切除、單純腫瘤剜除術、射頻治療、供瘤血管結紮、供瘤血管插管術後化療等。其中肝移植效果最好，既切除了腫瘤有同時解決了肝臟硬化的問題，但僅限於較早期的肝癌，且費用高、肝源缺乏。規則性半肝或肝段切除是近幾年推崇的方法，其較不規則性切除造成的肝損傷小，能夠徹底切除病灶及其可能的衛星轉移灶，手術出血少、對剩餘肝組織損傷輕。但規則性手術技術要求高，需要進行供瘤血管的精細分離結紮。寧夏自治區醫院肝膽外科已常規採用該法進行切肝手術，使手術併發症明顯下降。不規則性切除則是以腫瘤外１ｃｍ以遠的肝組織為切線，該法手術時間相對短，但需要阻斷肝門，術後肝功能損害較重。如果肝硬化嚴重、腫瘤表淺、多個，也可行腫瘤剜除術，但該法較少應用。對術中發現腫瘤不能切除者可行微波或射頻治療或供瘤血管結紮、插管等治療。
如手術前判斷不能手術治療者，可選射頻治療。該法是通過向肝腫瘤組織內插入探針，通過射頻使腫瘤固化壞死，該法創傷小、對周圍肝組織損傷輕，可在Ｂ超定位下治療、腹腔鏡下治療或手術直視下治療。
其他目前認為有效的治療措施有：介入經肝動脈栓塞化療術、無水酒精注射術、冷凍治療、中醫中藥等。
最後，對於肝癌的治療越來越多主張綜合治療，即由多種方法聯合治療。例如手術切除聯合介入栓塞治療或射頻聯合介入栓塞治療等。
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