眼藥水的正確滴法是拉開下眼瞼，將一滴藥水點入下穹窿部。第二種方法是眼球向外側看，將眼水點到內眥部。不能直接接觸眼睛，否則眼藥水會將眼內的液體回吸入瓶子裡，汙染了整支眼藥水。也不能直接滴到角膜上。因為角膜上分別大量的感覺神經末梢，非常敏感，眼藥水的刺激會導致眼球閉眼，將眼藥水擠出眼睛，治療效果就大打折扣了。研究表明，每滴眼藥水僅有3％―5％滲入眼內，55％―65％從鼻淚道粘膜吸收進入血迴圈，所以滴眼水後要壓迫壁淚道至少5分鐘，要輕閉眼靜坐2分鐘以減少吸收中毒。聯合交替點眼藥水需要相隔時間至少10分鐘。
眼藥水的儲存也要各不相同。目前臨床使用大量具有生物活性的生物製劑需要低溫儲存。如貝復舒眼水及眼用凝膠都要求在2度至8度儲存。有的病人為了方便用藥，喜歡放在褲袋裡，其實藥物活性會明顯降低。
眼藥水的使用次數是根據藥物吸收後濃度高度以及維持時間長短來決定的。不能隨意增減使用次數。如治療青光眼的噻嗎心安眼藥水每天只需要點兩次，點多了可能出現心血管系統及呼吸系統的副作用。如心動過緩及呼吸困難、誘發支氣管痙攣、哮喘等。甚至有死亡的報道。而針對一些需要在短期內提高眼表血藥濃度的眼病就需要加大點藥頻率了。如急性細菌性角膜潰瘍的眼藥就需要每半小時點一次，甚至每10分鐘點一次。
長期使用眼藥水要防止眼藥水的防腐劑的毒副作用。瓶裝的眼藥水都含有防腐劑，只是不同的廠家使用的各種不同的防腐劑毒性大小不一。現在各個廠家陸續推出一種單支劑型的眼藥水，不含防腐劑。每支容量約0.2―0.3ml，只限於當天使用。相對而言，這種劑型的眼藥水的眼表影響會比較小。
很多人患上眼疾都認為隨便到藥店買眼水就可以解決問題。其實在眼科的大部分疾病都需要眼藥水治療，選擇正確的眼藥並掌握正確的使用方法是非常必要的。
注：此資訊源于網路收集，如有健康問題請及時咨詢專業醫生。