抗核抗體（ANA）是SLE最常見的自身抗體，陽性率可高達95-100％，但特異性不高，可作為SLE篩查自身抗體。臨床上少部分病人符合SLE的診斷標準，抗核抗體（ANA）卻持續陰性；此組病人約佔全部SLE患者的2％，被稱為SLE的一個亞型。其原因可能為無ANA 產生；自身抗體被受累組織（如面板或腎組織） 所結合，或由於它們隱藏在迴圈免疫複合物中；或因應用腎上腺皮質激素及免疫抑制劑所致；或因病情進入腎病終末期，大量蛋白從尿排出，腎基底膜消耗增加，病人呈低蛋白血癥。
研究發現ANA陰性SLE患者的發熱、體重減輕、關節痛、肌痛、雷諾現象、口腔潰瘍、脫髮和其他系統損害等非特異損害與ANA陽性SLE患者相比無明顯差異；蝶形紅斑和光敏感的發生率略高，但無顯著差異；手足紅斑發生率明顯高於ANA陽性SLE患者，面板損害是ANA陰性SLE的顯著特徵。ANA陰性SLE患者血清中抗Ro/SSA抗體發生率較高，許多研究顯示抗Ro/SSA抗體與光敏感密切相關，提示間接免疫熒光檢測ANA陰性時，抗SSA抗體和抗SSB抗體對SLE和SCLE的診斷具有重要意義。ANA陰性SLE患者血清中的抗dsDNA抗體和抗Sm抗體陽性率較低，可能與ANA陰性SLE患者腎損害和血液系統損害的機率較低和大部分處於靜止期有關。
總體來說ANA陰性SLE患者系統損害較少，預後較好。臨床上疑似SLE患者，ANA檢測陰性時應注意檢查ANA譜中其它靶抗原特異性自身抗體，如抗SSA/Ro抗體、抗SSB/La抗體、抗核糖體P蛋白（rRNP）抗體、抗核小體抗體、抗dsDNA抗體等；還應注意檢測其它SLE相關自身抗體，如狼瘡抗凝物、抗心磷脂抗體、抗β2GPI抗體、抗C1q抗體等。
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