首先要看腫瘤是否在甲狀腺上，如果結節隨著吞嚥的過程活動就說明基本在甲狀腺上，如果確定不了就可以採取其它輔助檢查方式。然後還要鑑別一下是否存在甲亢和甲減的情況，如果有甲亢或者甲減就需要進行特殊治療。
鑑別到底是良性腫瘤還是惡性腫瘤需要進行綜合判斷，首先要看病史如有家族甲狀腺瘤，那麼惡性的可能性就比較大，另外青春期前的兒童和60歲以上的男性患者出現甲狀腺瘤惡性的可能性比較大，如果以前得過鼻咽癌，做過放療，5年後甲狀腺長了一個瘤子，那麼惡性的可能性就比較大。然後要看臨床表現，看腫瘤是多發性的還是單發性的，一般多發性的腫瘤良性的可能性比較大，而單發性的腫瘤往往是惡性的。
還要看腫瘤生長的大小和生長速度，如果短期內生長速度非常快而且還有壓迫症狀就可能有惡性病變。還可以通過觸控來判斷，觸控如果感到很硬或者周圍淋巴結腫大或者粘連在一起就可以高度懷疑為惡性腫瘤。以上這些都是憑藉經驗來進行判斷的方法，通過一些輔助檢查方法更能確定腫瘤是良性還是惡性。
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