舌齒齦疼痛性粟粒至水皰一般可診斷為手足口病，手足口病應注意與口蹄疫相鑑別診斷。
一、病原體不同
口蹄疫的病原體為口蹄疫病毒，屬於人畜共患病原體。手足口病是由數種腸道病毒感染所致。
二、傳染源不同
口蹄疫病毒只引起偶蹄類（兩半蹄子）動物牛、羊、豬、鹿、駱駝等發生口蹄疫，成為人患口蹄疫的傳染源。只有先出現獸疫，才有可能使人患病。手足口病的傳染源是患者和腸道攜帶病毒的人，屬於人類疾病。
三、傳播途徑不同
口蹄疫是通過接觸病畜口腔、蹄冠部的潰瘍爛斑，經面板粘膜感染的；偶而也有食用了被病毒傳染而又未加熱（巴氏消毒）的奶感染的。因此，人患口蹄疫是極為散在發生的。手足口病是由於接觸病人，通過日常生活用品、食具、玩具的汙染經口感染的，也可通過呼吸道傳播。因此，可出現不同規模的流行。
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