多數急性或慢性腹瀉患者只需根據病史，體徵及必要的實驗室檢查，如糞便常規及培養等即可明確診斷，當一般常規檢查後仍不能作出診斷時，應考慮作進一步檢查，但由於可供檢查的專案甚多，故必須結合每例患者腹瀉的特點而作出選擇。
實驗檢查：
1、糞便檢查：出血、膿細胞、原蟲、蟲卵、脂肪滴等。
2、血液檢查：血紅蛋白、白細胞及其分類等都有助於慢性腹瀉的診斷。
3、小腸吸收功能測定：顯示腸道吸收不良。
4、X線及內窺鏡：檢出病變位置、運動功能狀態、膽石等。
5、B超顯像。
6、小腸黏膜活組織檢查。
7、血漿激素和介質測定：對分泌性腹瀉的診斷具有重要意義。
8、內鏡檢查：結腸鏡檢查和活檢可以發現結腸腫瘤、炎症性腸病、放射性腸炎、缺血性腸炎和腸道特異性炎症等。
輔助檢查：
1、肛門指診：簡單易行，直腸癌大部分在直腸，均可通過肛門指診觸及，故對於診斷直腸癌極有意義。
2、乙狀結腸鏡檢查：簡單易行，檢查1次只需5分鐘，痛苦小，可直接看到腸粘膜病變，並可在檢查過程中取腸粘膜活檢及作腸拭子細菌培養，陽性率高，故對於鑑別診斷意義大。
3、纖維腸鏡檢查：可以從肛門看到回盲部，視野清晰，檢查全面、直接，可以發現比較輕微、範圍小的病變，可攝片、拍電影錄影，是最有意義的鑑別診斷方法，值得推薦。目前纖維腸鏡在全國範圍內比較普及。部分患者在檢查過程中感到腹痛明顯，偶有誘發冠心病者或導致腸穿孔，但只要術者細緻，是可以避免的。
4、鋇灌腸：部分患者，腸道狹窄或痙攣，腸腔不易通過，需要進行鋇灌腸。可觀察全結腸病變，且鋇灌腸更為安全，痛苦小，可彌補纖維腸鏡之不足。
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