應注意與其他疾病相鑑別：如其他病毒性肺炎(呼吸道合胞病毒、流感、副流感病毒或腸道病毒)、卡氏肺孢子蟲及衣原體肺部感染等。機體免疫良好的CMV感染者大多數呈無症狀的隱性感染，因而成為骨髓和器官移植者CMV感染的傳染源。所以，在進行移植前對供體進行CMV血清學檢查是十分重要的。移植後發生鉅細胞病毒性肺炎存在兩種臨床表現：
1、緩進型
移植後3～4月發生，症狀與急進型相似，但進展緩慢，症狀較輕，死亡率低；肺部X線表現為瀰漫性間質性肺炎、纖維化；病理表現為肺泡間質水腫，不同程度的纖維化，淋巴細胞浸潤和上皮細胞增生。常見於CMV再感染或潛伏的病毒啟用所致。
AIDS患者CMV肺炎無特異性，常合併全身CMV感染，如視網膜炎、結腸炎、膽管炎和食管炎。胸片和CT常見兩肺毛玻璃樣、粟粒樣或結節樣改變。血常規提示周圍白細胞的下降。
由於病毒性肺炎在臨床表現上具有一定的相似性，因而病原學檢查尤為重要。CMV的病原學檢查可通過以下幾方面進行：
①檢測CMV包涵體細胞和病毒顆粒：如從患者血、尿、和支氣管灌洗液中分離，但存在較高的假陽性，71%～91%的高危移植患者從BAL中雖分離到CMV，但無活動性肺炎證據。也可以將患者各種分泌物標本體外接種於人胚或成纖維細胞中培養後進行分離檢測，但一般需要2周至2月時間方能確診；
②免疫學方法：可通過熒光或酶標抗體對患者和供體分泌物中的CMV抗原進行測定，有利於早期診斷和移植前供體的篩選。也可通過補體結合實驗對血清中的抗體進行動態檢測，急性期和恢復期雙份血清抗體效價呈4倍以上者為陽性；
③分子生物學方法：如PCR技術和核酸雜交，前者主要用於對BAL的檢測和動態監測病情，後者常用於對肺組織病理切片的檢測，並可以對各種不同亞型的病毒進行區分。
2、急進型
在移植後1～2月即出現發熱、咳嗽、不適、呼吸困難、活動力下降、缺氧和呼吸衰竭；肺部聽診多無體徵，合併細菌或真菌感染者可聞及羅音；病情進展快，可迅速惡化和死亡；肺部X線主要表現為兩肺多發粟粒樣結節，直徑為2～4mm；屍檢病理顯示瀰漫性肺泡出血、纖維沉著和中性粒細胞反應。常見於原發感染，體內無特異性抗體，因而發病急、重，易導致全身病毒血症和繼發細菌、真菌感染所致。
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