真性細菌尿是指中段尿細菌定量培養≥10^5/ml或恥骨上膀胱穿刺尿細菌定性培養兩次都有細菌生長。真性細菌尿的主要病因是尿路感染。
以下疾病也是導致真性菌尿的病因：
1、急性腎盂腎炎
急性腎盂腎炎（acute pyelonephritis）是細菌侵犯腎盂、腎盞及腎實質所引起的急性化膿性炎症。病程不超過6個月。
2、慢性腎盂腎炎
慢性腎盂腎炎是細菌感染腎臟引起的慢性炎症，病變主要侵犯腎間質和腎盂、腎盞組織。由於炎症的持續進行或反覆發生導致腎間質、腎盂、腎盞的損害，形成疤痕，以至腎發生萎縮和出現功能障礙。平時病人可能僅有腰痠和（或）低熱，可沒有明顯的尿路感染的尿痛，尿頻和尿急症狀，其主要表現是夜尿增多及尿中有少量白細胞和蛋白等。病人有長期或反覆發作的尿路感染病史，在晚期可出現尿毒症。
3、放線菌病
放線菌病（actinomycosis）主要是以色列氏放線菌（actinomyces israeli）引起的一種慢性化膿性炎症。根據現代的生物學分類，放線菌不屬於真菌而屬於一種厭氧細菌。由於它所引起的病變與黴菌病相似，以及按照過去的習慣，通常仍將放線菌病與真菌病一起敘述。放線菌有細胞壁，其化學成分與細菌相似，沒有核膜。菌體呈細絲狀，與真菌相似，菌絲的粗細與普通桿菌相似，一般直徑不超過1μm。菌絲分支，可斷裂為桿狀。放線菌的種類很多。在自然界分佈極廣，空氣、土壤、水源中都有放線菌存在。少數菌株對人類有致病性，其中最主要的為以色列氏放線菌。以色列氏放線菌是人口腔正常菌群中的腐物寄生菌，在撥牙、外傷或其它原因引起口腔粘膜損傷時，放線菌可由傷口侵入。也可通過吞嚥或吸入帶菌物質進入胃腸或肺。因此放線菌病主要發生於頸面部和胸腹器官。
4、支原體感染
支原體（mycoplasma）是細胞外生存的最小微生物。是一類缺乏細胞壁的原核細胞型微生物，大小一般在0.3-0.5um之間，呈高度多形性，有球形、杆形、絲狀、分枝狀等多種形態。它不同於細胞，也不同於病毒。種類繁多、分佈廣泛、造成的危害相當大，涉及人、動物、植物及昆蟲等多個領域，給人類健康和科研工作帶來不利影響。從人體分離的16種支原體中，5種對人有致病性，即肺炎支原體（M.pneumoniae）、解脲支原體（Ureaplasma urealyticum）、人型支原體（M.homins）、生殖支原體（M.genitalium）及發酵支原體（M.fermentans）。脲解支原體屬（ureaplasma）含脲解支原體等體、脲解支原體及人型支原體等對人有致病性。肺炎支原體是呼吸道感染、肺炎的主要原因。脲解支原體、人型支原體則引起泌尿生殖道感染。
5、支原體尿路感染
泌尿及生殖道支原體感染稱為支原體尿路感染。支原體（Mycoplasma）是一群介於細菌與病毒之間、目前所知能獨立生活的最小微生物。近來，生殖器支原體（M.genitalium，MG）的致病性引起了重視。
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