隱球菌主要引起中樞神經系統、肺和面板的病變，嚴重者可危及生命。播散病灶也可發生在長骨末端、關節、肝、脾、腎、心臟、睪丸、前列腺等器官。典型的受累組織含有膠腖狀的酵母菌囊塊，此乃由隱球菌囊膜多糖堆積而成，但僅有輕微的或無急性炎症的變化。嚴重者可發生敗血症播散至全身各器官甚至引起死亡。那麼隱球菌囊膜多糖堆積的發病機制是什麼呢？下面一起來看一看。
存在於土壤及鴿糞中的隱球菌，可隨塵埃一起被人吸入呼吸道內。乾燥的隱球菌直徑僅1μm，能進入肺泡。隱球菌在體外無莢膜包裹，進入體內後很快形成莢膜，帶莢膜的隱球菌具有致病力。侵入人體的隱球菌並不一定致病，細胞免疫在防止隱球菌感染中起主要作用。
隱球菌侵入肺部後，少數形成肉芽腫，並出現症狀。隱球菌可由肺部經血而進入中樞神經系統。該菌常侵犯中樞神經系統的原因可能為：1、腦脊液中缺乏抗體；2、腦脊液中缺乏補體啟用系統；3、腦脊液中的多巴胺有利於隱球菌生長。
隱球菌腦膜炎對顱底軟腦膜病變較顯著。蛛網膜下腔有廣泛的滲出物積聚，內含單核細胞、淋巴細胞及隱球菌等。也可形成侷限性肉芽腫，後者是機體反應較強的表現，由組織細胞、鉅細胞、淋巴樣細胞及纖維母細胞組成；隱球菌較少發現，大多存在於鉅細胞及組織細胞內。病原菌還可沿血管周圍鞘膜侵入腦實質內，引起腦幹的血管炎，導致區域性腦組織缺血和軟化，腦實質內亦可形成肉芽腫。隱球菌也可在血管周圍間隙中增殖並在灰質內形成許多肉眼可見的囊腫，囊腫內充滿隱球菌。
面板病變有肉芽腫及膠質性損害兩種型別，後者的組織反應較少，內含大量隱球菌。
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