小兒厭食首先是一種攝食行為異常的表現，臨床可伴或不伴胃腸道功能的異常。其病因除與急、慢性感染性疾病及藥物影響有關外，還與餵養方式、飲食習慣、精神心理、社會環境、自然壞境等因素有關。
1、未及時新增輔食
有研究證實嬰兒對於輔食的新增有不同的敏感期，味覺敏感期在嬰兒期4～6個月時，食物質地敏感期在嬰兒期6～7個月。skussD等認為如果此期未給予各種味道、各種質地的食物，嬰兒往往在一歲後拒食新口味和不同質地的食物，因而造成偏食和食譜單調。國內有人分析了傳統餵養與兒童厭食症的關係，發現嬰兒期日夜頻繁餵乳、斷乳年齡過大、加輔食年齡太晚、品種和方式不當可使小兒在一歲左右發生厭食。
2、疾病及藥物因素
大多數疾病都可導致孩子的食慾下降。患胃腸炎、消化性潰瘍、肝炎或結核等病時，厭食尤其突出。孩子在患病並伴有發熱時，可使其消化吸收功能降低，引起不思飲食現象。另如腸道寄生蟲感染、長期便祕或因患腎臟疾病而長期低鹽飲食時，亦可引起食慾下降。服用一些藥物（如紅黴素、磺胺藥物等）後，因其對胃黏膜的刺激作用，除引起孩子厭食，還可能伴有腹痛和噁心、嘔吐等現象，此外，給孩子服過多的鈣片、維生素A或D，則孩子亦可出現食慾減退現象。
3、飲食習慣不良或飲食結構不合理
平素給孩子吃較多的零食；夏天攝入冷飲、飲料過多以及吃飯不定時；父母過分注意孩子的飲食情況等不良因素，均可影響孩子食慾。部分父母對孩子過於溺愛，在飲食結構安排中，蛋白質（蛋、肉、乳類）或糖類（甜食、巧克力等）所佔比例過大，長期如此，不僅造成孩子偏食、挑食的不良習慣，還可引起胃腸消化吸收功能發生障礙。
4、精神因素
中樞神經系統受人體內外環境不良刺激的影響，通過交感神經系統的內臟反應使消化功能的調節失去平衡引起食慾減退。兒童受到不良心理刺激，如驚嚇、恐懼、緊張等，可能引起消化功能紊亂，食慾減退；父母對孩子要求過高，限制孩子的活動，如禁止與其他兒童玩耍，在進餐前和餐桌上訓斥孩子，都會影響兒童情緒和食慾；當孩子食慾不振時，採用強制手段或威嚇辦法逼迫孩子進食，往往使孩子產生逆反心理而拒絕進食。
5、氣候因素
天氣過熱或溼度過大，可影響神經調節功能和消化液的分泌而引起孩子食慾不振。所以一年中以夏天孩子的胃口不佳現象為明顯，又將此特稱為夏季厭食症。
6、維生素B、微量元素鋅缺乏
缺鋅影響了核酸和蛋白的合成，從而影響了味覺素的合成。還可使唾液中磷酸酶減少及粘膜增生，阻塞產生味覺的神經――味蕾，使味蕾的功能減退。B族維生素缺乏亦可引起小兒味覺功能和胃粘膜消化功能的降低，使小兒沒有食慾和消化能力減弱。
綜上所述，小兒厭食症的發病因素既有內在因素，亦有食物及環境的外部因素。良好的食慾是小兒健康的標誌之一，長期厭食必然影響小兒的體質和智力發展。全面瞭解小兒厭食的病因，儘可能將疾病控制在發生階段，“未病先防”，具有一定的現實意義。
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