先心病患兒的手術治療時機需根據不同的病種及其嚴重程度來定。理論上講先心病患兒年齡大於2歲，則其肺血管床均會發生器質性改變，應在此前手術。原則是：儘可能在幼年手術，儘早改善全身供血供氧，在繼發解剖病變加重前手術糾正。
症狀、病變較輕，對生長髮育影響不大的先心病（如小的房間隔缺損、小的室間隔缺損）患兒，因其有自然癒合的可能（一般在2歲以內癒合，5歲以後癒合的可能性小），可暫不手術，但應每半年至一年隨診複查一次，以掌握肺動脈壓變化情況及缺損癒合情況，確定是否手術及手術時機。
對一些症狀明顯（如反覆呼吸道感染、肺炎、心功能不全）、病變較重（如完全性肺靜脈異位引流、房室間隔缺損、大的室間隔缺損、大的動脈導管未閉、或複合畸形患兒）的病人，應及時手術；法樂四聯症患兒需在2歲內（最好一歲以內）予以手術根治，長期缺血缺氧將影響其它器官的發育、加重繼發畸形、影響手術遠期療效，而對於常出現缺氧發作的患兒則無年齡限制，應儘早手術；嚴重紫紺的患兒如大動脈轉位、肺動脈閉鎖需在新生兒期立即手術；對某些嚴重低氧血癥、酸鹼失衡，並進行性惡化；或併發反覆呼吸道感染、呼吸衰竭，心力衰竭，內科治療難以見效的新生兒、嬰幼兒危重先心病患兒則應予以急診手術；某些嚴重畸形的先心病需分期手術，在嬰幼兒期予以姑息手術治療，根據病情再行二期根治術；大多數先心病如果不治療，心臟畸形及繼發病變會越來越複雜、病情越來越重。早發現、早診斷、早治療是關鍵。
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