1、療程不足，隨意停
有些甲亢病人經過藥物治療，症狀完全消失或是“甲功”恢復正常以後就擅自停藥，這樣做非常不妥，極易復發。一般而言，藥物治療甲亢的療程至少需要1.5~2年，如果有家族史、治療復發者，服藥時間還需進一步延長。切不可過早停藥，也不能用用停停，否則極易導致甲亢復發。
一般認為，只有同時滿足下列幾個條件方可停藥：
（1）甲亢症狀完全消失，甲狀腺縮小，血管雜音消失，突眼改善；
（2）甲功（FT3、FT4、TSH）恢復正常，甲狀腺刺激性抗體（TSAb）轉陰；
（3）藥物維持劑量小（PTU25mg/天或MM2.5mg/天）；
（4）總的療程達到兩年以上。
2、對藥物不良反應重視不夠，忽視定期複查
抗甲狀腺藥物常見的不良反應有白細胞減少、肝功能損害和藥物性皮疹，嚴重者甚至有生命危險。由於上述不良反應多在用藥後的頭兩個月內發生，因此，在治療初期，一定要囑咐病人每週去醫院化驗一次血常規和肝功，用藥過程中一旦出現咽痛、發熱、全身不適等症狀，應立即到醫院就診。
一般說來，當患者白細胞低於4×109/L，中性粒細胞低於2×109/L時，須加用升白細胞藥物（如利血生、維生素B4等。
注意：“鯊肝醇”儘管也可以升高白細胞，但不宜用於甲亢患者，原因在於其中含碘量較高，會導致病情反覆或加重）或配以小劑量強的鬆，白細胞一般會很快恢復。如果經過上述治療，白細胞數仍低於3×109/L，中性粒細胞低於1.5×109/L，同時伴有發熱、咽痛、關節痛等粒細胞缺乏症狀時，患者須立即停用抗甲狀腺藥物，同時給予粒細胞集落刺激因子，加用有效廣譜抗菌素對症治療，有條件的患者應予消毒隔離，否則會導致嚴重感染甚而危及生命。
對於藥物性皮疹，可加用抗過敏藥物（如撲爾敏）或更換其它硫脲類藥物，一般不必停藥。倘若皮疹嚴重，惡化成剝脫性皮炎，則須立即停藥，並採用糖皮質激素治療。
如果患者在服用抗甲狀腺藥物（ATD）之前就有肝功異常，說明肝功異常是甲亢本身所致，與ATD無關，可以在服用保肝藥物的同時，採用抗甲狀腺藥物治療；如果患者在服用ATD之前肝功正常，服用ATD之後出現肝功異常，則往往需要停藥，換用其他方法治療。
3、不分病因，盲目補碘
Graves病（又稱“瀰漫性甲狀腺腫伴甲亢”）和缺碘性甲狀腺腫（又稱“地方性甲狀腺腫”）均可導致甲狀腺腫大，而兩者的病因卻完全不同。前者與遺傳及自身免疫有關，後者則是由於碘攝取不足導致甲狀腺組織代償性增生所致。碘是合成甲狀腺激素的重要原料，為了減少甲狀腺激素的合成，甲亢病人應當低碘飲食，最好用無碘鹽炒菜，紫菜、海帶、海鮮等富含碘的海產品亦應儘量少吃或不吃，否則甲亢恢復慢且易復發。
近年臨床發現，抗心律失常藥物胺碘酮也是導致老年甲亢發病率增高的一個重要因素，每100mg胺碘酮含37.2mg的碘，長期服用胺碘酮，會增加病人的碘負荷，進而增加甲亢的患病風險。
4、單純重視藥物治療，忽視身心調養
甲亢使機體處於高代謝狀態，身體消耗很大，因此，甲亢病人一定要注意休息，避免過勞，增加營養。此外，長期精神高度緊張，壓力過大，嚴重感染，飲用刺激性較強的濃茶、咖啡、菸酒等均可誘發甲亢。因此，甲亢病人一定要注意保持情緒穩定，心態平和以及良好的睡眠，尤其是在疾病初期階段，最好能臥床休息或住院治療。
5、認為得了甲亢就不能懷孕，一旦懷孕就得停藥
懷孕一般不會導致甲亢病情明顯惡化，故甲亢並非妊娠的絕對禁忌症。一般建議甲亢患者最好是在疾病痊癒，完全停藥後再懷孕。但如果患者現階段病情已得到良好控制，僅需小劑量藥物維持，也允許懷孕，一般認為這樣不會增加孕期母嬰的併發症，母親和新生兒預後良好。
相反，如果甲亢病情沒得到有效控制，則不宜懷孕。否則，容易引起孕婦流產、早產，不僅如此，由於孕婦處於高代謝狀態，不能為胎兒提供足夠的營養及氧氣，還可導致胎兒生長遲緩及胎兒宮內窘迫。
在用藥方面，甲亢孕婦應當選擇丙基硫氧嘧啶而不是他巴唑，前者與孕婦體內蛋白結合後分子量較大，不容易通過胎盤，進入胎兒血的量較少，不會影響胎兒。此外，在妊娠期間，需密切監測甲狀腺功能，及時調整丙基硫氧嘧啶的劑量，使血清FT3和FT4水平處於正常高限的1/3，切不可用藥過量，導致甲減，這樣會影響胎兒大腦發育。
由於抗甲狀腺藥物（ATD）可從乳汁分泌，影響胎兒甲狀腺功能，因此，甲亢患者服ATD治療時，不宜哺乳。有些甲亢婦女在妊娠期間,出於對藥物副作用的擔心，乾脆什麼藥都不用，致使甲亢病情失控，對自身和胎兒均造成嚴重不良影響，實不足取。
另外，如果患者之前接受的是放射性碘治療，則在治療後的6個月以內應當禁止懷孕，以減少胎兒致畸的風險。
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