人的腸道是一個巨大的菌庫。維護健康的正常菌群的數量有幾十萬億~幾百萬億，重達1.5~2千克以上。人體95％的菌群在消化道，其數量與是否有氧環境及消化道酸鹼度，即pH值關係密切。
雙歧桿菌分解代謝可溶性膳食纖維以後產生如乙酸、丁酸、乳酸、丙酸等短 鏈脂肪酸，降低腸道酸度(pH值)，有利於鐵、鈣、鋅及磷的吸收，對預防貧血、佝僂病、鋅缺乏症十分有利。
腸道菌群紊亂，是嬰幼兒發生消化不良及腹瀉的重要原因，因此，恢復及增 加雙歧桿菌數量及其優勢、重建腸道微生態平衡是預防和成功治療病毒性、細菌性、真菌性乃至與抗生素應用相關的腹瀉的重要措施。
雙歧桿菌在嬰兒腸道中通過與腸黏膜上皮細胞中的磷酸酶結合，與其他厭氧菌一起共同佔據腸黏膜表面，形成一層生物屏障，阻止致病菌、條件性致病菌的入侵。
雙歧桿菌所具有的磷酸酶可將母乳中的α-酪蛋白降解，從而有利於乳蛋白的 吸收。雙歧桿菌所分泌的β-半乳糖酶可加快和長時間作用於乳糖的分解，這對提高乳糖的可消化利用性及解除部分 嬰幼兒乳糖不耐受的困擾有良好作用。
雙歧桿菌在人體腸道內可以合成多種維生素，如維生素B1、維生素B2、維生素B6、尼克酸、泛酸、葉酸、維生素B12、維生素K和生物素等。這些維生素一經被合成，隨即被黏膜細胞吸收，有利於促進人體代謝和維護健康。
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