我國是肝癌發病率非常高的國家，根據臨床多年的研究總結，以下九大危險因素是導致肝癌的主要病因。
一、病毒性肝炎
在已知的肝炎病毒中，除甲型肝炎病毒外，均與肝癌有關，但研究較多、且比較一致的看法是乙型肝炎病毒(HBV)及丙型肝炎病毒與肝癌關係密切。乙型肝炎病毒和丙型肝炎病毒的持續感染導致慢性肝炎、肝硬變，部分病人在此基礎上發生肝癌。乙型肝炎病毒(HBV)為發展中國家的主要病因，而丙型肝炎病毒(HCV)則為發達國家的主要病因。慢性HBV感染髮生肝癌的危險性增高200倍。
二、進食黃麴黴菌及其黴素汙染的食物
研究發現有10多種黴菌毒素能誘發動物不同器官的腫瘤。黃麴黴菌是幾種有毒黴菌的一種，它的毒素B1(黃麴黴素B1，AFB1)對肝臟有強烈的毒性。大量調查研究發現，黃麴黴菌汙染分佈圖與肝癌高發區地理分佈幾乎一致。
含AFB1的食物被攝取後，經吸收到肝臟，引起肝細胞變性、壞死，繼而誘發肝癌。黃麴黴毒素有很強的致肝癌作用，黃麴黴毒素B1對大鼠致肝癌作用比二甲基亞硝胺強75倍。用我國肝癌高發區被黃麴黴毒素汙染的糧食喂飼實驗動物，6個月後肝癌誘發率可達80％。黃麴黴毒素B1的攝入量與肝癌的死亡率呈正相關。此外，黃麴黴毒素B1與乙肝病毒還有協同致肝癌作用。易發生黴變的食物有大米、麥子、大豆、花生、玉米、菜籽油等。
三、飲酒
流行病學調查表明長期大量飲酒與肝癌有關。飲酒對於肝癌的發生有顯著而獨立的作用，並呈顯著的劑量效應關係。一般認為過量飲酒常通過脂肪肝、酒精性肝炎及肝硬變等步驟，最終導致肝癌。在酒精性肝硬變中有10％～30％發生肝癌。
歐美國家的肝癌多伴有酒精性肝病。研究顯示，每天飲用超過80 g酒精且持續10年以上，患肝癌的危險比每天飲用小於80 g酒精高5倍。患有丙型肝炎的患者如果飲酒，患肝癌的危險是單獨患丙型肝炎的2倍。
四、水源汙染
飲用水因某些化學致癌物質和某種水藻的汙染與肝癌的發生也有關係。已發現汙染的水中有百餘種致癌或促癌物質。
飲用水特別是溝塘水常被有機致癌物(如六氯苯、苯並芘、多氯聯苯等)汙染。在肝癌高發區江蘇啟東，飲溝塘水的居民與飲井水的居民肝癌發病率有明顯差別，飲用溝塘水居民肝癌發病率為60~100/10萬，飲用井水或深井水者則低於20/10萬。我國溝塘水中有一種藍綠藻可產生藻類毒素-微囊藻毒素，已證明是一種強的促癌劑。
五、化學致癌物質
一些化學物質如亞硝胺類、偶氮芥類、酒精、有機氯農藥等均是肝癌的致癌物質。其中以N-亞硝基化合物為主，動物實驗中發現二甲基亞硝胺、3-硝基苯胺能誘導肝癌。
流行病學調查顯示長期接觸農藥或殺蟲劑的個體肝癌發生危險性明顯增高。動物實驗已經證實，一些劇毒農藥如五氯(苯)酚、六氯苯能誘發肝癌形成。我國是一個農業大國，人們在使用農藥或殺蟲劑等有機溶劑時，應引起注意。
六、疾病因素
經研究發現，有些疾病能增加患肝癌的危險性，如糖尿病、食管靜脈曲張、肝硬化、肥胖症、脂肪肝、遺傳性血色病、遺傳性毛細血管擴張症、α1—抗胰蛋白酶缺乏等。目前有關疾病因素致癌機制仍不清楚。
七、遺傳因素
肝癌具有明顯的家族聚集性和遺傳易感性。與肝癌病例有血緣關係的家族中，出現肝癌的人數遠超過無血緣者，其中近親又高於遠親。一級親屬肝癌的發生率明顯高於對照組(2倍)。
八、營養因素
研究發現，蔬菜、水果攝入能降低癌症的危險性。也有研究發現喝咖啡與肝癌發病率降低有關，並且存在劑量效應關係，常飲咖啡是肝癌的一個保護性因子。硒是一種抑癌元素，硒可提高機體的免疫功能和解毒功能。硒的缺乏有助於肝癌的形成。如海帶含硒量非常豐富。
九、免疫狀態
有人認為肝癌患者血漿中含有一種封閉因子，能抑制細胞免疫並保護肝癌細胞不受免疫細胞殺傷。現已證明，肝癌產生的甲胎蛋白(AFP)就有此作用。
肝癌高危人群需要每年檢查肝功能，預防肝癌要從平常的生活習慣開始，遠離後天的致癌因素，積極治療肝炎，將肝癌的發生率降到最低。
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