有消化不良症狀的患者到醫院就診時，醫生往往會要求患者進行胃鏡檢查。一些患者害怕胃鏡檢查很痛苦，往往會猶豫不決。事實上，隨著胃鏡鏡子質量的不斷提高（更細、更軟、操控性更好）和操作醫生技術的不斷熟練，半數以上患者接受胃鏡檢查時僅有輕度不適感。包括拍照、取活檢等操作，遇到複雜患者也很少超過10分鐘，因此多數患者是可以承受的。
胃鏡檢查一般不會產生疼痛，主要不適是噁心和感覺到唿不出氣。由於患者的恐懼心理和胃鏡通過咽部插入食管時的反射，多數患者會有暫時憋氣，這就像一個不會游泳的人掉在水裡一樣，會不自主憋氣。當患者實在憋不住後才唿氣，就會出現噁心。
因此，胃鏡檢查時患者不憋氣和調勻唿吸是關鍵。由熟練的醫生進行胃鏡操作，檢查時患者的不適程度主要由患者因素所決定，一般是高度恐懼、中青年、男性、體型肥胖、吸菸、刷牙容易噁心的患者，胃鏡檢查時反應較大，不適程度高。這些患者可通過使用鎮靜藥物使他們處於無意識狀態而消除檢查時的不適，即可採用無痛胃鏡檢查。
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