寶寶注射的甲肝疫苗目前有減毒活疫苗（自費）和滅活疫苗（免費）兩種。
滅活疫苗是將病原微生物(包括細菌、病毒和立克次體等)及其代謝產物用物理或化學的方法使其滅活，喪失毒力，但仍保留其免疫原性而製成的疫苗，如百日咳疫苗、流腦疫苗等。這種疫苗由於病原微生物已被殺，進入人體後不能生長繁殖，因此需要注射劑量大，注射次數多。一般注射一針後產生免疫力不高，需要注射2-3次或加強注射，才能產生較為滿意的免疫力。但是，滅活疫苗的穩定性好，容易儲存。
減毒活疫苗是將病原微生物(細菌和病毒)在人工條件下使其喪失致病性，但仍保留其繁衍能力和免疫原性，以此製成減毒活疫苗。將減毒品活疫苗接種於人體後，使人體產生一次亞臨床感染，類似一次輕型的人工自然感染過程，從而引起與疾病類似的免疫反應，但不會發病，卻可獲得抵禦種疾病的免疫力。它在體內的作用時間長，往往只需要接種一次，即可產生穩固的免疫力，這類疫苗有脊髓灰質炎疫苗、麻疹疫苗等。
凍幹甲肝減毒活疫苗:甲肝減毒活疫苗是用遺傳穩定、對人安全的H2減毒株接種於人二倍體細胞培養後，用先進的工藝進行提取、純化和濃縮，最後溶於含多種氨基酸的鹽平衡溶液中製成的。與一般的病毒活疫苗不同，它是一種純化的活疫苗。國產HA減毒活疫苗的免疫機理可能是活病毒增殖與死抗原刺激的綜合作用，因此，活疫苗加強免疫效果極佳。規範化HA減毒活疫苗加強免疫1劑後，其抗體陽轉率可達100％，抗體GMT可達3000mIU/ml，是接種1劑活疫苗的幾百倍，活疫苗再次接種可能有利於提高疫苗保護效果，並延長保護年限。HA減毒活疫苗的一個重要問題就是現場使用需要提供高滴度，否則不可能產生良好的免疫應答。
甲肝減毒活疫苗和甲肝滅活疫苗均屬於國家免疫規劃疫苗的範圍，具體納入種類可由各省確定。無論是自費還是免費，均屬於國家批簽發的合格疫苗。
兩者的區別：減毒活疫苗中的病毒活性降低，但仍有活性，可以在寶寶體內增殖，長時間和機體細胞發生作用，誘導較強的免疫力。對有免疫缺陷的寶寶來說，疫苗的選擇要格外小心，應使用“滅活疫苗”，不宜接種“減毒活疫苗”。
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