慢性前列腺炎患者可有失眠、健忘、焦慮、抑鬱，甚至胡思亂想乃至悲觀失望等情緒，這方面的困惑有時甚至超過疾病本身的痛苦，導致有的四處亂投醫，有的則自暴自棄，成為慢性前列腺炎難治的原因之一。
一、前列腺的比鄰關係複雜
前列腺上鄰膀胱，後鄰直腸，外上方是精囊和輸精管壺腹，中有尿道和射精管穿過，這些器官病變及前列腺病變均可相互影響。前列腺是個腺性分泌器官，前列腺外因區腺管垂直角或斜行進入後尿道，路徑長且開口較小，容易受很多因素影響而排泌不暢，造成前列腺液的瀦留，並容易誘發感染。
二、前列腺的組織結構改變
慢性前列腺炎可導致前列腺體內血管閉塞、腺體實質的纖維化與疤痕形成、腺體萎縮變硬或水腫，甚至鈣化及結石形成，使藥物治療很難在前列腺內達到有效的藥物濃度，病原體可以在區域性大量繁殖和擴散，進一步加重了局部炎症反應、腺管閉塞範圍和纖維化程度。
三、前列腺炎的病因複雜多樣
除細菌感染外，自身免疫反應或免疫異常、盆底精神肌肉緊張、前列腺內的尿液返流、物理損傷、前列腺結石、炎症、長期充血、尿酸異常、尿道狹窄、精睪肥大、前列腺增生、食物過敏、真菌或病毒感染等也是造成前列腺疼痛和炎症反應的重要因素，前列腺周圍組織器官，肌肉和神經功能障礙也可能導致前列腺炎的病理改變。
四、不良生活習慣的持續存在
許多前列腺炎患者的發病就是因為在生活中存在許多不良的習慣，如生活中不講究衛生，有不潔性生活史、頻繁性交或手淫、酗酒或大量食用刺激性食物，長距離騎車或久坐、區域性不注意保暖等多種因素均可造成患者前列腺長期充血，誘發慢性前列腺炎，並最終使其久治不愈。而且這些患者患病後及治療期間，不良生活習慣可能仍然存在。
五、精神心理因素和消極的應對方式
慢性前列腺炎患者可有失眠、健忘、焦慮、抑鬱，甚至胡思亂想乃至悲觀失望等情緒，這方面的困惑有時甚至超過疾病本身的痛苦，導致有的四處亂投醫，有的則自暴自棄，成為慢性前列腺炎難治的原因之一。
六、醫患關係複雜
目前社會辦醫較多，魚龍混雜情況嚴重，醫療廣告氾濫，遊醫也大量存在，有意無意的誤診、誤治難免存在。一些大醫院的泌尿科醫生缺乏系統培訓，缺乏有效的治療手段，使許多患者誤認為前列腺是根本治不好的病，影響了慢性前列腺炎的系統診斷和規範治療。另外，大量地使用抗生素及濫用其他藥物，破壞了患者的機體免疫，使得患者病情進一步加重。
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