寶寶腸炎分感染性和非感染性兩種因素所致。如果是感染性的以消炎抗病毒為主，非感染性以調節飲食，調節腸道菌群為主。若能夠積極地治療並在不出現併發症的情況下，療程一般在七至十天左右。積極配合醫生的治療，合理搭配飲食，讓寶寶保持快樂的心情，更有助於寶寶恢復。
寶寶急性腸炎，如果沒有脫水的表現，精神好，能進食的情況下，給予寶寶腹部保暖，服用腸胃康、健脾散、思密達等，三至五天就會痊癒。要給寶寶多喝水，吃易消化的流質食物。如果寶寶精神差，尿量少，有脫水的情況，必須輸液治療，合理補充電解質。但輸液不能止瀉，還需要及時口服止瀉藥物如思密達、小兒止瀉顆粒等，療程需要五至七天。
如果寶寶由急性腸炎轉為慢性腸炎，就需要長期治療。慢性腸炎的治療十分費時、費力，因為它常是許多原因所造成的，要找出確實的病因，並且對症下藥是相當困難的，約有四分之一以上的患兒必須經過一年以上的治療才可痊癒。
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