小兒心肌炎的臨床症狀主要取決於疾病的嚴重程度，以及患兒的年紀。小兒可以在病程當中表現出心慌胸悶，胸痛乏力，活動受限等不適症狀，嚴重的患者甚至會出現心力衰竭，以及可能會併發惡性心律失常，心源性休克甚至是死亡。一些患者由於前期未恢復好，逐漸還可能進展成為擴張型心肌病。如果新生兒患有心肌炎，那麼往往症狀比較嚴重，可以出現高熱，喘憋，呼吸困難，發紺，甚至還常伴有肝以及肺、神經系統的併發症。
患有心肌炎的小兒在進行查體時可以發現其伴有心動過速，有些患者可以出現心音低鈍以及奔馬律等表現，肺部可以聽到溼囉音，嚴重的患兒還可以出現血壓下降，脈搏細弱等異常表現。除了以上異常表現之外，有些患者還可能會出現肝大、脾大。
心肌炎的患兒可以出現肌酸激酶同工酶以及肌鈣蛋白的升高。x線可以出現心影增大的變化。在病程的早期血中特異性IgM抗體滴度在1：128以上。心臟彩超可以出現心房以及心血的擴大，同時有些患者還會伴有心室收縮功能受損。確診心肌炎的金標準檢查，是心肌活體組織檢查。
小兒在心肌炎急性期要絕對臥床休息，從而可以減輕心臟的負荷。除了充分休息之外，還可以使用營養心肌的藥物，比如說像1，6-二磷酸果糖，有助於改善心肌能量代謝，修復受損的細胞。還可以使用大劑量免疫球蛋白，通過免疫調節，從而達到減輕心肌細胞受損的作用。患者在病程中如果出現了心率失常以及心力衰竭的症狀，那麼主要是對症支援治療。
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