甲減的治療主要是甲狀腺激素替代治療，以使甲狀腺功能維持正常，一般需要終身治療。
治療甲減的藥物首選左甲狀腺素。藥物替代劑量與患者年齡及體重有關，治療劑量應個體化。成人維持劑量多在50－200ug/天。左甲狀腺素半衰期為7天，口服後約80%被吸收。服藥後約6周可達到血藥濃度的平衡。達到維持劑量的指標是臨床症狀改善，T3、T4、TSH正常，妊娠婦女應將TSH控制在2.5mU/L以下，FT4在正常範圍高限水平。
左旋甲狀腺素有效成分就是甲狀腺激素，是人體正常的激素成分，並沒有致畸作用，也不會對孕婦和胎兒產生不利影響，所以可以安全的用藥。需要注意的是，妊娠期胎盤分泌的一些激素會對甲狀腺激素的代謝產生影響，這也是妊娠期甲亢的原因之一，因此妊娠期甲減的治療需要特別注意劑量調整，應儘快調整至正常水平，定期監測激素水平，及時調整劑量。
對於一些甲減嚴重，出現甲減性心臟病、粘液性水腫昏迷等嚴重併發症的病人，或者甲減不能有效控制的女性患者，不宜進行妊娠，必要時要終止妊娠。
所以，妊娠期甲減的治療仍然主要依靠左甲狀腺素治療，但需要定期檢測激素水平，及時調整，大部分患者病情都可以得到控安全妊娠，但部分有嚴重併發症或病情無法控制者，應考慮終止妊娠。
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