膠囊胃鏡屬於新一代的內鏡檢查技術，不需要插管，所以也沒有明顯痛苦，檢查過程中只需隨水吞服一顆"藥丸"，在它經過食道、胃、腸時候，就可以通過拍照把胃裡面看的清清楚楚，所以是一項非常先進的檢查技術，但是也有缺點：
1、不能隨醫生的意圖控制方向，如果一般的胃鏡，某個細微的地方看不清楚或者有疑似病變，可以耐心的慢慢找。但是膠囊胃鏡是不受控制的，在它進入食道和胃的過程中會不斷拍照，某些角落有可能會遺漏，所以說膠囊胃鏡沒有常規胃鏡看的清楚、細緻。
2、膠囊胃鏡不能做黏膜組織活檢檢查，膠囊胃鏡只能拍攝到病變，但是不能確認組織學，要進一步確定則還需要做胃鏡做組織學檢查。不像普通的胃鏡，檢查到息肉或者腫物，可以立刻通過活檢來確診是良性還是惡性，這個對患者來說非常重要，如果是惡性腫塊，及早的發現，及早的治療，就不會造成更大的危害，一般都會取得較好的效果。
膠囊胃鏡屬於一項新的技術，有其不可比擬的優勢，但是成本比較高，所以費用也比較貴。也不能完全取代常規胃鏡。
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