大多數肝囊腫無臨床症狀，僅在B超或CT檢查時偶然發現，
肝囊腫生長緩慢，其臨床表現因囊腫位置、大小、數目、有無壓迫鄰近器官，以及有無併發症而異。部分患者由於囊腫位置比較表淺，與膈肌或腹膜摩擦，可能會有腹部不適或疼痛。除此之外，臨床表現還有以下幾種特殊情況：
1、巨大肝囊腫
當直徑超過10釐米時，可稱之為巨大肝囊腫，巨大肝囊腫容易引起食後飽脹、噁心、嘔吐、右上腹部隱痛不適等壓迫症狀。
2、囊腫繼發感染
當繼發感染時患者可出現肝區疼痛、發燒、白細胞升高等表現，B超或CT檢查提示有膿液。
3、囊腫繼發出血
少數肝囊腫的囊壁血管可自發破裂，導致囊內出血。有的患者無明顯症狀，也有的患者會出現肝區劇烈疼痛，酷似急腹症。
4、囊腫扭轉
囊腫扭轉會產生劇烈疼痛，但甚為罕見。
5、囊腫自發破裂
肝囊腫很少自發破裂，即使破裂，囊腫內流出的液體對人體也無害，一般不用特殊處理。
大多數肝囊腫長期處於“靜止”狀態，不會長大，所以無需過度擔憂
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