人工牛黃甲硝唑膠囊最嚴重不良反應為高劑量時可引起癲癇發作和周圍神經病變，後者主要表現為肢端麻木和感覺異常。某些病例長期用藥時可產生持續性周圍神經病變。其他常見的不良反應有：(1)胃腸道反應，如噁心、食慾減退、嘔吐、腹瀉、腹部不適、味覺改變、口乾、口腔金屬味等。(2)可逆性粒細胞減少。(3)過敏反應，皮疹，蕁麻疹，瘙癢等。(4)中樞神經系統症狀，如頭痛，眩暈，暈厥，感覺異常，肢體麻木，共濟失調和精神錯亂等。(5)其他有發熱，陰道念珠菌感染，膀胱炎，排尿困難，尿液顏色發黑等，均屬可逆性，停藥後自行恢復。
甲硝唑可透過胎盤，迅速進入胎兒迴圈，故而對孕婦禁用。甲硝唑在乳汁中濃度與血中相似，故哺乳期婦女不宜使用。若必須用藥，應中斷授乳。如果在使用中發生中樞神經系統不良反應，應及時停藥。用藥期間不應飲用含酒精的飲料，否則患者可出現腹部痙攣﹑噁心﹑嘔吐﹑頭痛﹑面部潮紅等。肝功能減退者本品代謝減慢應減量使用。
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