巧克力囊腫有一小部分患者可能會發生癌變。
巧克力囊腫屬於子宮內膜異位症的一種病變，其實就是正常宮腔內的子宮內膜出血積聚在卵巢，並形成囊腫，顏色類似巧克力色，主要病因是可能是經血倒流種植在卵巢表面和輸卵管周圍。巧克力囊腫多數主要表現為痛經，性交痛，繼發性不孕，月經量多，經期延長等，有些可能會發生囊腫破裂等，但經臨床報道少數此類患者會發生癌變。
臨床上多數是因為性交痛或者痛經或者不孕症而就診，如果巧克力囊腫大小在五釐米左右，可以考慮腹腔鏡行囊腫剝除術，但術後容易復發，如果術後可以儘快懷孕對於該病是有一定治療作用的，因為孕後就會停經，就減少了子宮內膜的脫落等，所以有些會通過口服避孕藥或者中藥等來治療。
總之，巧克力囊腫一般是不會發生癌變的，極少數人可能會發生癌變，如果年齡比較大，沒有生育要求，而痛經比較厲害，可以選擇手術切除卵巢達到根治的目的。
注：此資訊源于網路收集，如有健康問題請及時咨詢專業醫生。