由於卵巢囊腫的性質和大小不同，所以並不是所有的卵巢囊腫都需要行手術治療。
如果女性的卵巢囊腫是在排卵後檢查發現，但是囊腫小於三公分以下，而且在月經乾淨後複查，又沒有卵巢囊腫出現，那常常考慮就是生理性的黃體囊腫，這時是屬於生理性的改變，所以根本不需要進行任何的手術治療。如果女性是在月經乾淨後檢查彩超，發現有卵巢囊腫出現，而且囊腫內沒有異常的回聲，同時也沒有進行性的痛經表現，但是囊腫大於五公分以上，這時仍然需要考慮行手術將囊腫切除，如果囊腫小於三公分以下，那往往就不需要手術。如果女性是由於有進行性加重的痛經，檢查彩超發現有卵巢囊腫，而且考慮是卵巢巧克力囊腫，同時囊腫又大於五公分以上，這時最好考慮行腹腔鏡手術將囊腫切除，在手術後還需要肌注曲譜瑞林，或者戈舍瑞林等藥物來預防巧克力囊腫的再次復發。
所以並不是所有的卵巢囊腫，在檢查確診後都需要行手術治療，而是根據其具體的病情來決定是否需要手術。
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