胃間質瘤的預後與發現胃間質瘤時的早晚及腫瘤本身的復發危險度有關，同時受靶向藥物甲磺酸伊馬替尼的影響。
胃間質瘤是消化道最常見的間葉組織來源的腫瘤，具有惡性潛能，腫瘤的危險程度與腫瘤部位、大小、腫瘤細胞核分裂像及有無遠處結轉移有關。胃間質瘤唯一能治癒的方法是手術切除。對於間質瘤高復發風險患者，術後復發轉移率高，可達55%-90%，80%患者在術後1-2年內有區域性復發，半數可同時出現肝轉移，雖可再度切除，但難以提高生存率。如果發現時腫瘤較小，核分裂像少，原發灶能徹底手術清除，5年生存率約為50%-65%，原發灶不能徹底清除且轉移者5年總生存期＜35%，原發灶不能切除者總生存期為9-12個月。對於術後間質瘤復發患者完整手術切除患者的中位生存期為54個月，不能完全切除患者中位生存期為5個月。甲磺酸伊馬替尼是治療藥物敏感胃腸道間質瘤患者的特效藥，對於術後復發或轉移的胃間質瘤患者能有效的提高生存期。
總之，發現胃間質瘤後不要緊張，及時進行有效的治療，預後尚佳，應保持積極樂觀的心態，以樂觀的心態去面對。
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