卵巢囊腫屬廣義上的卵巢腫瘤的一種，雖然有一定的惡性比例，但大多數情況下都屬於一種良性的腫瘤。對於良性的還沒有惡變的卵巢囊腫來講是可以治好的。但卵巢囊腫有復發的可能性。
卵巢囊腫的治療方式取決於患者年齡，囊腫的部位，體積，大小，生長速度，是否惡性，是否保留生育功能，以及患者的主觀願望等因素而決定。對於體積小於2cm的卵巢囊腫，可以進行定期的觀察，觀察期間可以配合口服中藥湯劑來輔助控制囊腫的發展速度，若卵巢囊腫不發展或發展很緩慢，可以不予治療，在女性絕經後囊腫基本會萎縮，甚至還可以消退。對於體積大於5cm的囊腫，或者發展速度比較迅速的囊腫，必須進行手術切除，可以行卵巢囊腫切除術，對於年輕患者尤其是絕經前、還有生育要求的患者多采用此種術式，會盡可能保留正常的卵巢組織，切除後此次的卵巢囊腫就治癒，但由於卵巢囊腫的發生於體內激素水平及生活方式等有關，所以還是有可能復發的。對於年齡較大（45歲以上）或絕經後的患者，卵巢囊腫過大可行行一側或雙側輸卵管卵巢切除術，切除後基本就不會復發了。卵巢囊腫有一定的惡變傾向，所以若囊腫發生惡變則會影響生育功能。
卵巢囊腫只要沒有惡變的，大多數情況下還是可以治癒的。
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