現在醫學對於眼結膜炎的研究來說，發現許多有效的藥物，但真正具有跨時代意義的發現，還是明確大部分結膜炎是因為病菌感染導致的，因此抗病菌治療是治療結膜炎的首要方法。
由於引起結膜炎的病菌型別各樣，並沒有哪種藥物可以解決所有病菌，所以專家們還是提出根據不同病菌使用不同藥物治療，第一種是抗細菌藥物治療（妥布黴素滴眼液，氧氟沙星滴眼液），第二種就是抗病毒治療藥物（阿昔洛韋滴眼液）。
因為用藥受到多種因素的影響，所以需要根據患者具體的不同情況，制定不同的方案，也就需要了解患者的不同情況，比如最近有沒有用過藥物治療，具體是用的哪類藥物，有沒有什麼藥物過敏，有沒有其他基礎疾病，有沒有其他在用藥物，因為部分藥物相互之間會有藥效影響，同時因為國內抗生素過度應用，導致很大一部分人出現耐藥的情況。
綜上所述，出現眼結膜炎，一定要儘早去眼科進一步檢查，明確診斷後，再在專科醫生的指導下，堅持正規用藥，這樣才可以保證有更好的療效。
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