支原體衣原體感染是指這兩種微生物在人體內生存和活動，部分型別對於身體健康有一定影響。
通常來說，支原體衣原體感染是較難自愈的，只不過很多感染者感染後沒有出現不適症狀，也未發病，可不進行治療。但人體免疫系統清理微生物感染能力有限，感染者出現支原體衣原體雙重感染，自愈的情況極少，多數還是要依靠藥物方可痊癒。
若感染後身體並無異常表現，患者也無需過於緊張，可選擇暫時以觀察為主，在必要時，再利用藥物治療，比如四環素類和大環內酯類抗菌藥等，具體治療應詢問醫生。
但若感染者處於備孕期，即便支原體衣原體感染後無明顯症狀，也要積極服藥治療，否則，這兩種微生物可能造成胎兒畸形、流產和死胎及早產等多種問題，特別是檢查發現有支原體衣原體感染的備孕女性，更要及時醫治。
支原體衣原體感染後若程度輕微，少數患者可自愈，多數還是需進行治療，特別是想要生育孩子的感染夫妻，建議在醫生指導下進行治療。
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