沙眼衣原體可能會導致全身多個部位的炎症感染的情況。比如說最常見的部位是眼部感染，簡稱沙眼。
如果結膜炎患者被懷疑為沙眼，需要做相關的分泌物檢查，查詢病原體。結果如果是沙眼衣原體陽性，則可以明確診斷為沙眼；如果是陰性，也不能100%排除沙眼的診斷。因為任何檢查的準確性、和敏感性都不是100%的，都有一定的假陽性率和假陰性率。這時候必須結合患者的臨床特徵，如特徵性結膜充血、血管模糊、可以看到眼部大量的濾泡，隨著時間增長會出現角膜血管翳等。在沙眼的診斷標準中，沙眼衣原體陽性並不是必要條件，診斷以臨床典型表現為主。由於沙眼的併發症多、且嚴重，如果懷疑沙眼，即可開始治療。常規使用的藥物是抗生素類的藥物，目前最敏感的是屬於大環內酯型別的，但是衣原體感染的情況，多種型別的抗生素相對來說都會比較敏感，可以考慮適當的聯合使用。
沙眼衣原體還有可能會感染生殖器出現尿路感染的情況，進行相關的尿液的檢查，尤其是尿培養，可以確定是否存在有沙眼衣原體感染。在治療方面主要的方式仍然是以抗生素為主，有可能還需要全身使用，藥物治療的週期往往比較久，原則上至少1~2個月。
出現沙眼衣原體陰性的情況，仍然需要到眼科就診，由醫生做全面的眼科檢查後，考慮最終的診斷。
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