無痛腸鏡檢查是一種舒適性、安全性非常高的檢查，主要是給予靜脈推注丙泊酚，使患者完全處在深睡眠的狀態，沒有任何感覺。因此，此時進行胃腸鏡檢查，不會給患者帶來明顯的痛苦。
無痛腸鏡技術並不是真正的無痛，只是在檢查中應用一定劑量的鎮靜劑，使患者不知曉檢查過程的痛苦和不適。而且行無痛腸鏡檢查前的準備工作與常規腸鏡一樣，如檢查前一天應避免進食乳製品和難以消化的食物，並且在規定時間內禁食，還需要在限定的時間內，通過服用規定劑量的瀉藥進行腸道的清潔等，這些檢查前準備可能會給患者帶來稍許不適。
此外，臨床中並不是所有患者都可以進行無痛腸鏡檢查，需要依據患者的個人意願以及進行身體狀況的風險評估。臨床中對於年齡超過75歲的老年患者、患有心腦血管疾病或處於急性呼吸道感染期的患者，以及對麻醉藥有過敏史、營養狀態很差的患者，醫生一般不建議其進行靜脈麻醉，因此也不宜進行無痛腸鏡檢查。
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