結腸鏡檢查患者的疼痛總體水平一般。臨床研究顯示，結腸鏡檢查是否疼痛及疼痛的輕重，在同等腸鏡條件下與檢查方法、檢查者的熟悉程度、病者個體情況等因素有關，不可一概而論。
目前我國結腸鏡檢查主要使用單人操作檢查，檢查過程中患者可感覺到輕微腹痛。對於精神特別緊張或有腹部手術腸粘連的患者，以及年齡較小的兒童可以在麻醉下進行無痛結腸鏡檢查，患者可在十多分鐘內完成檢查，檢查過程中通常無痛苦，並且風險較小，但檢查費用會有所增加。
另外，檢查醫生操作的水平對患者的疼痛有一定的影響，若醫生操作水平較高，會盡量減少腸鏡牽拉腸道壁的次數，減輕患者的不適程度。而經常便祕的患者結腸冗長，彎曲較多，因此疼痛感較腹瀉患者重。
有腹部及盆腔手術史的患者，若需要進行結腸鏡檢查，則應找有一定操作經驗的醫生，可以在一定程度上降低不適感。如果難以接受普通內鏡者應當選擇進行無痛結腸鏡檢查。
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